Skip to search.

Breaking News Visit Yahoo! News for the latest.

×Close this window

cnsbb · CNS software package bulletin board
  • Members Only
  • Post
  • Calendar

The Yahoo! Groups Product Blog

Check it out!

Group Information

  • Members: 1328
  • Category: Biology
  • Founded: Mar 23, 2001
  • Language: English
? Already a member? Sign in to Yahoo!

Yahoo! Groups Tips

Did you know...
Hear how Yahoo! Groups has changed the lives of others. Take me there.

Messages
Message #
Search:
Advanced
 Messages Help
Messages
Topics
Hot Topics
Messages 2160 - 2190 of 2224   Oldest  |  < Older  |  Newer >  |  Newest
Messages: Show Message Summaries Sort by Date ^  
#2160 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Wed Apr 4, 2012 4:36 pm
Subject: Re: local_executable path 		pozharski
Send Email Send Email
  
Since the error is raised by Aria23/src/py/aria/cns.py, this is not a
CNS-question.  Try asking your question in Aria discussion board.

On Wed, 2012-04-04 at 16:16 +0000, f570518 wrote:
>
> Dear All,
> I installed cns-solve.1.21 coupled with Aria2. When I tried to run
> aria2 I got the error message as:
> EntityValueError: USER ERROR <aria.cns.CNSSettings> File
> "/Users/fengh/Aria23/src/py/aria/cns.py", line 2855 in
> load_from_element
> CNSSettings: Value "" for entity "local_executable" (Path) is invalid.
> Path "" does not exist.
> Can you figure out where is the problem.
>
> Thank you,
>
> Han
>
>
>
>
>

--
After much deep and profound brain things inside my head,
I have decided to thank you for bringing peace to our home.
                                     Julian, King of Lemurs

Reply | Messages in this Topic (2)
#2161 From: "jruhym" <a.heim@...>
Date: Thu Apr 5, 2012 8:30 pm
Subject: inter and intra helical restrains 		jruhym
Send Email Send Email
  
Hi,

I have a situation in which I would like to have different scale factors for NOE
and hydrogen bond restraints using annealing. I looked on the "input files" tab
on http://cns-online.org/v1.3/ and selected anneal.inp under the NMR section. I
see that this template allows for several NOE restraint files and a hydrogen
bond restraint file. Currently I have one of each. I would like, while doing my
annealing starting from a model (of a transmembrane alpha helical structure) to
maintain secondary structure while allowing the helices to move. I have hydrogen
bond restraints for the intra-helical hydrogen bonds that should maintain the
secondary structure. For the NOE restraints file (currently I have only one but
would like to include multiple ones later) I have distances between C_alpha's. I
would like to make the Hydrogen bonds strong and the NOE's weak, but it seems
that they are both linked to the "NOE scale factor" field in the template. If I
make the scale factor large (say 75) I get no movement of any residue. If I make
it week (say 0.1) I get spaghetti. I ran a test in which I entered only the
hydrogen bond restraints and no NOEs at a scale of 75 and got helices strewn
about. That tells me that the hydrogen bond restraints work to hold the
secondary structure and that it was not (just) the NOE restraints.
The lines in the restraint files take the form
assign ( resid # and name A) (resid # and name B) d dm dp
The energy for the biharmonic restraints is
min(ceil, S Kb T/ 2 c^2 * (R - d)^2)
I think S is the NOE scale factor. ceil is 30 by default and I don't see that as
changed in anneal.inp c = dm if R < d and dp if R > d.
Given all of that, I thought that if I lowered S so that the helices could move
but pumped up (1/c^2) for only the hydrogen bond restraints to compensate (that
is, lower dm and dp by 1/Sqrt(factor)), I could keep the helical shape while
allowing the helices to move while remaining weakly tethered together. I had
scale = 0.1 and factor set to 1000 and it didn't work. Recall that originally
scale = 75 did work to maintain secondary structure. 75/0.1 only equals 750, so
a factor of 1000 should have been sufficient. I tried a factor of 10,000 and
still no luck.

Is there a way to set different scale factors for restraints from different
restraint files, be it among the NOE restraint files or between the NOE and
hydrogen bond restraint files using anneal.inp?

Reply | Messages in this Topic (1)
#2162 From: Gerard DVD Kleywegt <gerard@...>
Date: Wed Apr 11, 2012 2:15 pm
Subject: A creative and challenging job in science communication - join PDBe as its Outreach Coordinator! 		gerard@...
Send Email Send Email
  
Are you an aspiring science communicator who has a wonderful way with words?
The Protein Data Bank in Europe (PDBe; http://pdbe.org/) is looking for an
enthusiastic 'jack of all trades', to coordinate its outreach activities. We
are looking for someone who will raise the profile of PDBe through media
outreach and user training. This job provides an exciting opportunity for you
to have a real impact on the scientific community by helping biologists make
the most of structural information. The main responsibilities include:

* Developing and implementing an effective outreach strategy, which may
involve new activities (e.g. short video tutorials);
* Organising and running training 'roadshows', workshops and courses;
* Producing tutorials and course materials;
* Coordinating our presence at professional conferences;
* Drafting scientific reports, blog entries, news items, posters, slide
presentations and promotional materials;
* Maintaining and maximising the impact of our presence in social media;
* Operating the PDBe help desk;
* Soliciting, handling and analysing user feedback;
* Coordinating our activities with the EMBL-EBI Outreach and Training Team;
* In the interests of remaining grounded in the resource, annotate structure
entries (~25% of the time, this only applies if you have a background in
chemistry or biology).

For full details about this position, surf to:

      http://ig14.i-grasp.com//fe/tpl_embl01.asp?newms=jj&id=48567&aid=15470

When you apply through the EMBL website, you have to submit examples of three
different kinds of communications materials that you have personally produced
(they need not have been published). This could include a scientific paper,
popular article, blog entry, poster, short video, brochure, press release,
conference booth or anything along those lines. Please provide the materials
either as attachments or as URLs. We expect your cover letter to demonstrate
your enthusiasm for this position as well as your excellent writing skills. If
you are shortlisted for an interview, you will be asked to provide additional
materials.

Please note that knowledge of (structural) biology is desirable but not
necessary. However, superb communication skills and a keen eye for layout and
design are required.


--Gerard

---
Gerard J. Kleywegt, PDBe, EMBL-EBI, Hinxton, UK
gerard@... ..................... pdbe.org
Secretary: Pauline Haslam  pdbe_admin@...

Reply | Messages in this Topic (1)
#2163 From: "Sanishvili, Ruslan" <rsanishvili@...>
Date: Thu Apr 12, 2012 3:08 pm
Subject: Last call: CCP4 summer school at APS, in USA 		rsanishvili@...
Send Email Send Email
 

Dear Colleagues,

This is friendly but final reminder that Tuesday, April 17 is the application deadline for the fifth annual CCP4 Summer School “From data collection to structure refinement and beyond”.

On-line application and all details about the school can be found on its web site: http://www.ccp4.ac.uk/schools/APS-2012/index.php

We are looking forward to seeing you at the school.

Garib, Ronan and Nukri

 

Ruslan Sanishvili (Nukri), Ph.D.

GM/CA-CAT
Biosciences Division, ANL
9700 S. Cass Ave.
Argonne, IL 60439

Tel: (630)252-0665
Fax: (630)252-0667
rsanishvili@...

From: Sanishvili, Ruslan
Sent: Tuesday, April 03, 2012 5:16 PM
To: 'cnsbb@yahoogroups.com'
Cc: Sanishvili, Ruslan
Subject: Application deadline approaching: CCP4 summer school at APS, in USA

 

Dear Colleagues,

We would like to point out that the application deadline for the 5th annual CCP4 Summer School “From data collection to structure refinement and beyond” is April 17, 2012. The school will take place from June 19 through June 26, 2012 at the Advanced Photon Source (APS) near Chicago.

There is no registration fee for the school. The students will be responsible for their own travel and lodging expenses. These and other details (The program, the list of speakers, the application process, accommodations, site access, contacts etc) can be found at the workshop website at http://www.ccp4.ac.uk/schools/APS-2012/index.php

The school will cover all aspects of macromolecular structure determination and validation.

 

Some of the world’s leading experts will be providing instruction and hand-on help.

We are looking forward to another productive school this summer.

 

Garib, Ronan and Nukri

 

 

 

Ruslan Sanishvili (Nukri), Ph.D.

GM/CA-CAT
Biosciences Division, ANL
9700 S. Cass Ave.
Argonne, IL 60439

Tel: (630)252-0665
Fax: (630)252-0667
rsanishvili@...

From: cnsbb@yahoogroups.com [mailto:cnsbb@yahoogroups.com] On Behalf Of Sanishvili, Ruslan
Sent: Friday, March 02, 2012 2:24 PM
To: 'cnsbb@yahoogroups.com'
Subject: [cnsbb] Reminder: CCP4 summer school at APS, in USA

 

 

Dear Colleagues,

 

This is a reminder that the deadline for applications for the 5th annual CCP4 Summer School “From data collection to structure refinement and beyond” is April 17, 2012. The school will take place from June 19 through June 26, 2012 at the Advanced Photon Source (APS) near Chicago.

 

There is no registration fee for the school. The students will be responsible for their own travel and lodging expenses. These and other details (The program, the list of speakers, the application process, accommodations, site access, contacts etc) can be found at the workshop website at http://www.ccp4.ac.uk/schools/APS-2012/index.php

The school will include data collection, processing, structure solution, model building, refinement, validation, automation of many steps etc. Participants are encouraged to bring their own crystals, raw data or processed data for hands-on problem solving under the guidance of software developers and other experts.

 

Garib, Ronan and Nukri

 

 

Ruslan Sanishvili (Nukri), Ph.D.

GM/CA-CAT
Biosciences Division, ANL
9700 S. Cass Ave.
Argonne, IL 60439

Tel: (630)252-0665
Fax: (630)252-0667
rsanishvili@...

From: cnsbb@yahoogroups.com [mailto:cnsbb@yahoogroups.com] On Behalf Of Sanishvili, Ruslan
Sent: Monday, December 19, 2011 11:41 AM
To: 'cnsbb@yahoogroups.com'
Subject: [cnsbb] Annual CCP4 summer school in USA, at APS, June 19-26

 

 

Dear Colleagues,

 

We are pleased to announce the fifth annual CCP4 summer school at Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory (ANL). All details can be found at http://www.ccp4.ac.uk/schools/APS-2012/

 

Title:

"CCP4 school: From data collection to structure refinement and beyond"

Dates: June 19 to 26.

Site: Advanced Photon Source, Argonne National Laboratory, Argonne, Illinois (Near Chicago), USA

 

The school content:

Data collection workshop the first two days: beamline training and data collection on GM/CA-CAT beamlines 23ID-B and 23ID-D. For data collection, only the participants' crystals will be used.

Software workshop: The rest of the time after data collection will feature many modern crystallographic software packages taught by authors and other experts. It will be organized in three

Sections – lectures, tutorials and hands-on trouble-shooting.

There will be model data sets available for tutorials but data, provided by participants, will have higher priority for the hands-on sessions.

 

Applicants:

Graduate students, postdoctoral researchers and young scientists at the assistant professor level are encouraged to apply. Only 20 applicants will be selected for participation. Participants of the workshop are strongly encouraged to bring their own problem data sets or crystals so the problems can be addressed during data collection workshop and/or hands-on sessions.

 

Application:

Application deadline is April 17. The application form, the program, contact info and other details can be found at http://www.ccp4.ac.uk/schools/APS-2012/

 

Fees: There is no fee for the workshop. The students will be responsible for their transportation and lodging. The workshop organizers will arrange economical lodging at the Argonne Guest House. The workshop will also cover the expenses for all meals and refreshments.

 

Garib, Ronan and Nukri

 

Ruslan Sanishvili (Nukri), Ph.D.

GM/CA-CAT
Biosciences Division, ANL
9700 S. Cass Ave.
Argonne, IL 60439

Tel: (630)252-0665
Fax: (630)252-0667
rsanishvili@...

 

 


Reply | Messages in this Topic (7)
#2164 From: "sunil" <sktewarybt1993@...>
Date: Sat Apr 14, 2012 12:53 pm
Subject: MTZ label 		sktewarybt1993
Send Email Send Email
  
Hi

I am facing the problem of putting correct label in the MTZ file. Ctruncate
(ccp4 GUI) programme uses some default label which is not sufficient to run
AMoRe. Does anyone face this problem of MTZ label?
How can we put labels in the MTZ that we want e.g FP or PHIC etc ?
If anybody has some clue to this this please help me overcome this problem.
I tried to search the google but not able to find any script that can handle the
problem of mtz label.

I appreciate any help in this regard

Reply | Messages in this Topic (1)
#2165 From: "mscsu" <mscholfield@...>
Date: Tue Apr 24, 2012 8:52 pm
Subject: make_cv.inp 		mscsu
Send Email Send Email
  
Hi Everyone,

I am having some trouble with make_cv.inp. I am using cns 1.3.

My issue is that I have a hkl file that I want to convert to a cv file. My hkl
file already has my test data set defined and I want to carry that into my cv
file. I do not see an option in the make_cv.inp that lets me do that. It looks
like the make_cv.inp will regenerate my test data set.

Does anyone know how to carry my test data set from the hkl file to my cv file?

Thank you all in advance.

Matt

Reply | Messages in this Topic (2)
#2166 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Wed Apr 25, 2012 12:31 pm
Subject: Re: make_cv.inp 		pozharski
Send Email Send Email
  
On Tue, 2012-04-24 at 20:52 +0000, mscsu wrote:
> Does anyone know how to carry my test data set from the hkl file to my
> cv file?
>

I assume that your "hkl" file is in CNS format.  "cv" file is not any
different, make_cv.inp simply adds an extra column to define the test
set.  Other words, your "hkl" file is already a "cv" file.

--
"Hurry up before we all come back to our senses!"
                            Julian, King of Lemurs

Reply | Messages in this Topic (2)
#2167 From: Jeanne Cambefort <cambefort@...>
Date: Wed May 16, 2012 2:25 pm
Subject: Atoms distance in a molecular dynamics 		cambefort@...
Send Email Send Email
 
Hello,

I'm new on CNS. 
I would like to generate N structures during a molecular dynamics.
I employed model_anneal.inp downloaded on http://cns.csb.yale.edu/v1.3/,
with the following parameters : 
- no .def file
{===>} atom_select=(known);
{===>} atom_fixed=(none);
{===>} atom_harm=(none);
{===>} md_type="cartesian";
{===>} md_scheme="constant";
{===>} temperature=300;
{===>} tcontrol="coupling";

The model_anneal.inp script makes a molecular dynamics well, but it 
generates N structures only after the end of the molecular dynamics. Why ?
I would like to order my resulted structures by time with measures.
Please, how could I transform the model_anneal.inp to produce structures 
during the molecular dynamics?
I hope to be clear, I thank you very much for your help.

Jeanne Cambefort
Engineer in Bioinformatics
Innovation Moléculaire et Thérapeutiques (IMT)
Université François Rabelais
UFR de Sciences Pharmaceutiques
Parc Grandmont, Avenue Monge
37200 Tours - France
Tel : 33 (0)2 47 36 74 72


Reply | Messages in this Topic (6)
#2168 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Wed May 16, 2012 6:33 pm
Subject: Re: Atoms distance in a molecular dynamics 		pozharski
Send Email Send Email
  
On Wed, 2012-05-16 at 16:25 +0200, Jeanne Cambefort wrote:
> Please, how could I transform the model_anneal.inp to produce
> structures  during the molecular dynamics?

if you didn't touch traj_freq, it should... post the log-file, there
might be a clue there.



--
Oh, suddenly throwing a giraffe into a volcano to make water is crazy?
                                                 Julian, King of Lemurs

Reply | Messages in this Topic (6)
#2169 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Thu May 17, 2012 8:32 pm
Subject: Re: Atoms distance in a molecular dynamics 		pozharski
Send Email Send Email
  
On Thu, 2012-05-17 at 21:45 +0200, Jeanne Cambefort wrote:
> Otherwise tihs is my log file :
>

>From which you can see that the snapshots were saved in files named
model_anneal_3HOS_X.pdb where X=1-10.  Check your output folder.

This is a concern though

  %CNSsolve> error encountered: File model_anneal_3HOS_1_traj.crd  was
not open.
    (CNS is in mode: SET ABORT=NORMal END)


Maybe you are trying to write into a read-only folder?

--
"Hurry up before we all come back to our senses!"
                            Julian, King of Lemurs

Reply | Messages in this Topic (6)
#2170 From: Jeanne Cambefort <jeannecambefort@...>
Date: Thu May 17, 2012 7:54 pm
Subject: Re: Atoms distance in a molecular dynamics 		jeannecambefort
Send Email Send Email
 
Hello,

I'm sorry I reply late.

I think I can exploit my results by calculating the FRET Efficiency this way:
http://www.msg.ucsf.edu/local/programs/cns1.3/tutorial/fret/fret_distribution_calculations/text.html
I will make some calculations soon, because I just want to present results as
correct as possible.

Otherwise tihs is my log file :
          ============================================================
          |                                                          |
          |            Crystallography & NMR System (CNS)            |
          |                         CNSsolve                         |
          |                                                          |
          ============================================================
           Version: 1.3
           Status: General release
          ============================================================
           Written by: A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.DeLano,
                       P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve,J.-S.Jiang,J.M.Krahn,
                       J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read,
                       L.M.Rice, G.F.Schroeder, T.Simonson, G.L.Warren.
           Copyright (c) 1997-2010 Yale University
          ============================================================
           Running on machine: hostname unknown (Mac/Intel,64-bit)
           Program started by: jeanne
           Program started at: 12:04:51 on 16-May-2012
          ============================================================

 FFT3C: Using FFTPACK4.1

 CNSsolve>{+ file: model_anneal.inp +}
 CNSsolve>{+ directory: general +}
 CNSsolve>{+ description: simulated annealing/molecular dynamics +}
 CNSsolve>{+ authors: Axel T. Brunger, Luke M. Rice and Paul D. Adams +}
 CNSsolve>{+ copyright: Yale University +}
 CNSsolve>
 CNSsolve>{+ reference: L.M. Rice and A.T. Brunger, Torsion Angle Dynamics:
 CNSsolve>              Reduced Variable Conformational Sampling Enhances
 CNSsolve>              Crystallographic Structure Refinement, Proteins: Structure,
 CNSsolve>              Function, and Genetics, 19, 277-290 (1994) +}
 CNSsolve>
 CNSsolve>{- Guidelines for using this file:
 CNSsolve>   - all strings must be quoted by double-quotes
 CNSsolve>   - logical variables (true/false) are not quoted
 CNSsolve>   - do not remove any evaluate statements from the file
 CNSsolve>   - the selections store1 through store3 are available for general use -}
 CNSsolve>
 CNSsolve>{- begin block parameter definition -} define(
 DEFINE>
 DEFINE>{============================ coordinates ============================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* coordinate file *}
 DEFINE>{===>} coordinate_infile="generate_3HOS.pdb";
 DEFINE>
 DEFINE>{==================== molecular information ==========================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* topology files *}
 DEFINE>{===>} topology_infile_1="CNS_TOPPAR:protein-allhdg5-4.top";
 DEFINE>{===>} topology_infile_2="CNS_TOPPAR:dna-rna-allatom-hj-opls.top";
 DEFINE>{===>} topology_infile_3="CNS_TOPPAR:5iu.top";
 DEFINE>{===>} topology_infile_4="CNS_TOPPAR:water-allhdg5-4.top";
 DEFINE>{===>} topology_infile_5="CNS_TOPPAR:ion.top";
 DEFINE>
 DEFINE>{* linkage files for linear, continuous polymers (protein, DNA, RNA) *}
 DEFINE>{===>} link_infile_1="CNS_TOPPAR:protein-allhdg5-4.link";
 DEFINE>{===>} link_infile_2="CNS_TOPPAR:dna-rna-pho.link";
 DEFINE>
 DEFINE>{* parameter files *}
 DEFINE>{===>} parameter_infile_1="CNS_TOPPAR:protein-allhdg5-4.param";
 DEFINE>{===>} parameter_infile_2="CNS_TOPPAR:dna-rna-allatom-hj-opls.param";
 DEFINE>{===>} parameter_infile_3="CNS_TOPPAR:5iu.param";
 DEFINE>{===>} parameter_infile_4="CNS_TOPPAR:water-allhdg5-4.param";
 DEFINE>{===>} parameter_infile_5="CNS_TOPPAR:ion.param";
 DEFINE>
 DEFINE>{* molecular topology file: optional (leave blank for auto generation) *}
 DEFINE>{*
 DEFINE>   Auto generation of the molecular topology from the coordinates should only
 DEFINE>   be used if:
 DEFINE>   (1) Each distinct protein, DNA, or RNA chain must have a separate segid
 DEFINE>       (or chainid if the chainid is non-blank).
 DEFINE>   (2) Each contiguous protein, RNA, or RNA chain must not be disrupted by
 DEFINE>       other types of residues or ligands.  Rather, these other residues
 DEFINE>       should be listed after protein, RNA/DNA chains.
 DEFINE>   (3) Disulphides are automatically detected based on distances between the sulfur atoms
 DEFINE>      (must be less than 3 A apart).
 DEFINE>   (4) Broken protein/RNA/DNA chains without terminii must be more than 2.5 A apart to be recognized as such.
 DEFINE>   (5) N-linked glycan links are automatically recognized if the bonded atoms are less than 2.5 A apart.
 DEFINE>   (6) Automatic generation cannot be used with alternate conformations.
 DEFINE>   For ligands, the user must make suitable topology and parameter files.
 DEFINE>   For non-standard covalent linkages, the custom patch file should be used.
 DEFINE>   Alternatively, the generate.inp or generate_easy.inp task files
 DEFINE>   can be used to generated the mtf prior to running this task file.
 DEFINE>    *}
 DEFINE>{===>} structure_infile="";
 DEFINE>
 DEFINE>{* for auto generation: extra linkages and modifications by custom patches *}
 DEFINE>{===>} patch_infile="";
 DEFINE>
 DEFINE>{===================== crystallographic symmetry =====================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* use crystallographic symmetry *}
 DEFINE>{+ choice: true false +}
 DEFINE>{===>} use_cryst=false;
 DEFINE>
 DEFINE>{* space group *}
 DEFINE>{* use International Table conventions with subscripts substituted
 DEFINE>   by parenthesis *}
 DEFINE>{===>} sg="P2(1)2(1)2(1)";
 DEFINE>
 DEFINE>{* unit cell parameters in Angstroms and degrees *}
 DEFINE>{+ table: rows=1 "cell" cols=6 "a" "b" "c" "alpha" "beta" "gamma" +}
 DEFINE>{===>} a=61.76;
 DEFINE>{===>} b=40.73;
 DEFINE>{===>} c=26.74;
 DEFINE>{===>} alpha=90;
 DEFINE>{===>} beta=90;
 DEFINE>{===>} gamma=90;
 DEFINE>
 DEFINE>{=================== non-crystallographic symmetry ===================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* NCS-restraints/constraints file *}
 DEFINE>{* see auxiliary/ncs.def *}
 DEFINE>{===>} ncs_infile="";
 DEFINE>
 DEFINE>{========================== atom selection ===========================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* select atoms to be included *}
 DEFINE>{* it is essential to include hydrogen atoms if a free MD simulation is
 DEFINE>   being performed *}
 DEFINE>{* this should include all conformations if multiple conformations are used *}
 DEFINE>{===>} atom_select=(known);
 DEFINE>
 DEFINE>{* select fixed atoms *}
 DEFINE>{* note: isolated atoms and diatomic molecules are automatically
 DEFINE>   fixed during torsion angle dynamics. So, you don't have to
 DEFINE>   explicitly fix them here. *}
 DEFINE>{===>} atom_fixed=(none);
 DEFINE>
 DEFINE>{* select atoms to be harmonically restrained *}
 DEFINE>{===>} atom_harm=(none);
 DEFINE>
 DEFINE>{* harmonic restraint constant - for harmonically restrained atoms *}
 DEFINE>{===>} k_harmonic=10;
 DEFINE>
 DEFINE>{* atom selections for non-default rigid groups during torsion angle dynamics *}
 DEFINE>{* note: the selections must be non-overlapping *}
 DEFINE>{===>} atom_rigid_1=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_2=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_3=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_4=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_5=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_6=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_7=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_8=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_9=(none);
 DEFINE>{===>} atom_rigid_10=(none);
 DEFINE>! to add more groups add more numbered entries:
 DEFINE>!   {===>} atom_rigid_11=(none);
 DEFINE>!   {===>} atom_rigid_12=(none);
 DEFINE>!   {===>} atom_rigid_13=(none);
 DEFINE>! etc
 DEFINE>
 DEFINE>{* select atoms in alternate conformation 1 *}
 DEFINE>{===>} conf_1=(none);
 DEFINE>
 DEFINE>{* select atoms in alternate conformation 2 *}
 DEFINE>{===>} conf_2=(none);
 DEFINE>
 DEFINE>{* select atoms in alternate conformation 3 *}
 DEFINE>{===>} conf_3=(none);
 DEFINE>
 DEFINE>{* select atoms in alternate conformation 4 *}
 DEFINE>{===>} conf_4=(none);
 DEFINE>
 DEFINE>{* additional restraints file *}
 DEFINE>{* eg. auxiliary/dna-rna_restraints.def *}
 DEFINE>{===>} restraints_infile="";
 DEFINE>
 DEFINE>{====================== annealing parameters ========================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* type of molecular dynamics *}
 DEFINE>{+ choice: "torsion" "cartesian" +}
 DEFINE>{===>} md_type="cartesian";
 DEFINE>
 DEFINE>{* annealing schedule *}
 DEFINE>{+ choice: "slowcool" "constant" +}
 DEFINE>{===>} md_scheme="constant";
 DEFINE>
 DEFINE>{* starting temperature *}
 DEFINE>{* used for both constant-temperature and slowcooling schemes *}
 DEFINE>{===>} temperature=300;
 DEFINE>
 DEFINE>{* temperature control method *}
 DEFINE>{* either coupling to a temperature bath or velocity scaling *}
 DEFINE>{+ choice: coupling scaling +}
 DEFINE>{===>} tcontrol="coupling";
 DEFINE>
 DEFINE>{* number of molecular dynamics steps *}
 DEFINE>{* only used for constant-temperature annealing schedule *}
 DEFINE>{===>} constant_steps=1000;
 DEFINE>
 DEFINE>{* drop in temperature (K) per cycle of dynamics *}
 DEFINE>{* only used for slowcooling annealing schedule *}
 DEFINE>{===>} cool_rate=25;
 DEFINE>
 DEFINE>{* molecular dynamics time step (ps) *}
 DEFINE>{===>} time_step=0.0005;
 DEFINE>
 DEFINE>{* number of minimization steps to regularize geometry before torsion md *}
 DEFINE>{===>} geometry_min=100;
 DEFINE>
 DEFINE>{* nonbonded cutoff (Angstroms) *}
 DEFINE>{===>} nonb_cutoff=13;
 DEFINE>
 DEFINE>{* dielectric constant *}
 DEFINE>{===>} dielectric=1;
 DEFINE>
 DEFINE>{* number of trials to carry out with different initial velocities *}
 DEFINE>{===>} num_trials=1;
 DEFINE>
 DEFINE>{* frequency of writing trajectory (in steps) *}
 DEFINE>{* this only applies to the constant temperature option *}
 DEFINE>{* a trajectory will not be written if this value is 0 or less *}
 DEFINE>{===>} traj_freq=100;
 DEFINE>
 DEFINE>{* seed for random number generator *}
 DEFINE>{* change to get different initial velocities *}
 DEFINE>{===>} seed=82364;
 DEFINE>
 DEFINE>{* torsion angle topology modification file *}
 DEFINE>{===>} torsion_infile="CNS_TOPPAR:torsionmdmods";
 DEFINE>
 DEFINE>{=========================== output files ============================}
 DEFINE>
 DEFINE>{* root name for output files *}
 DEFINE>{+ list:
 DEFINE>        coordinate files will be written: <output_root>_<n>.pdb
 DEFINE>        if the trajectory option is enabled (annealing schedule = constant and frequency > 0)
 DEFINE>             a CNS trajectory file will be written to: <output_root>_<n>_traj.crd,
 DEFINE>             the corresponding individual coordinates will be in <output_root>_<n>_traj_<m>.pdb
 DEFINE>             and a combined coordinate file (for display with VMD) with all
 DEFINE>             these coordinates appended will be in <output_root>_<n>_traj.pdb
 DEFINE>             where <n> is the trial number and <m> is the trajectory frame number. +}
 DEFINE>{===>} output_root="model_anneal_3HOS";
 DEFINE>
 DEFINE>{===========================================================================}
 DEFINE>{         things below this line do not normally need to be changed         }
 DEFINE>{         except for the torsion angle topology setup if you have           }
 DEFINE>{         molecules other than protein or nucleic acid                      }
 DEFINE>{===========================================================================}
 DEFINE>
 DEFINE> ) {- end block parameter definition -}
 CNSsolve>
 CNSsolve> checkversion 1.3
 Program version= 1.3 File version= 1.3
 CNSsolve>
 CNSsolve> evaluate ($log_level=quiet)
 Assuming literal string "QUIET"
 EVALUATE: symbol $LOG_LEVEL set to "QUIET" (string)
 CNSsolve>
 CNSsolve> if ( $log_level = verbose ) then
 NEXTCD: condition evaluated as false
 CNSsolve>   set message=normal echo=on end
 CNSsolve> else
 CNSsolve>   set message=off echo=off end

 automatically generating molecular topology

 ASSFIL: file generate_3HOS.pdb opened.
 SEGMNT-info: auto chain termination due to different segid.  336 residues were inserted into segid "A   "
 SEGMNT-info: auto chain termination due to different segid.  337 residues were inserted into segid "B   "
 SEGMNT-info: auto chain termination due to different segid.   25 residues were inserted into segid "C   "
 SEGMNT-info: auto chain termination due to different segid.   28 residues were inserted into segid "D   "
 SEGMNT-info: auto chain termination due to different segid.   25 residues were inserted into segid "E   "
 SEGMNT-info: auto chain termination due to different segid.   28 residues were inserted into segid "F   "
 SEGMNT-info: auto chain termination due to unavailable link.     1 residues were inserted into segid "A   "
 SEGMNT-info: chain termination due to END keyword.     1 residues were inserted into segid "    "
 %READC-ERR: atom A    243  ARG  HT1  not found in molecular structure
 %READC-ERR: atom A    243  ARG  HT2  not found in molecular structure
 %READC-ERR: atom A    243  ARG  HT3  not found in molecular structure
 %READC-ERR: atom B    243  ARG  HT1  not found in molecular structure
 %READC-ERR: atom B    243  ARG  HT2  not found in molecular structure
 %READC-ERR: atom B    243  ARG  HT3  not found in molecular structure
 link removed (applied DPEP): from A    237  to A    243
 link removed (applied DPEP): from B    238  to B    243
 disulphide added: from A    136  to A    336
 disulphide added: from B    136  to B    336
 unknown coordinates for atom: A    GLU  345  OXT
 unknown coordinates for atom: C    DG   4    O5T
 unknown coordinates for atom: D    DA   29   P  
 unknown coordinates for atom: D    DA   29   OP1
 unknown coordinates for atom: D    DA   29   OP2
 unknown coordinates for atom: D    DA   29   O5T
 unknown coordinates for atom: E    DG   4    O5T
 unknown coordinates for atom: F    DA   29   P  
 unknown coordinates for atom: F    DA   29   OP1
 unknown coordinates for atom: F    DA   29   OP2
 unknown coordinates for atom: F    DA   29   O5T

 %PARRDR-info: duplication of bond HC   NC2
 %PARRDR-info: duplication of bond OUF  SUF
 %PARRDR-info: duplication of angle CH2P CH2E HA 
 %PARRDR-info: duplication of angle OUF  SUF  OUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry H  
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HA 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HC 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry SUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry OUF
 EFLAGS: the following energy flags are set
 EFLAGS: BOND ANGL DIHE IMPR VDW  ELEC
 %PARRDR-info: duplication of bond HC   NC2
 %PARRDR-info: duplication of bond OUF  SUF
 %PARRDR-info: duplication of angle CH2P CH2E HA 
 %PARRDR-info: duplication of angle OUF  SUF  OUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry H  
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HA 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HC 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry SUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry OUF
 -----nonbonded-list-options-------------------------------
 | CUTNb=  13.000 TOLErance=   0.500 WMIN=   1.500 ATOM   |
 | INHIbit=   0.250                                       |
 -----electrostatic options--------------------------------
 | EPS=   1.000 E14Fac=   1.000 CDIElectric POTEN SHIFt   |
 -----van der Waals options--------------------------------
 | VSWItch                                                |
 -----switching /shifting parameters-----------------------
 | CTONNB=  11.000 CTOFNB=  12.000                        |
 -----exclusion list options-------------------------------
 | NBXMOD=   5                                            |
 ----------------------------------------------------------
 %PARRDR-info: duplication of bond HC   NC2
 %PARRDR-info: duplication of bond OUF  SUF
 %PARRDR-info: duplication of angle CH2P CH2E HA 
 %PARRDR-info: duplication of angle OUF  SUF  OUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry H  
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HA 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HC 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry SUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry OUF
 CONNECt: selected atoms form     10 covalently disconnected set(s)

 list of isolated (non-covalently bonded) atoms:

 list of isolated (non-covalently bonded) di-atomic molecules:
 --none--
 %PARRDR-info: duplication of bond HC   NC2
 %PARRDR-info: duplication of bond OUF  SUF
 %PARRDR-info: duplication of angle CH2P CH2E HA 
 %PARRDR-info: duplication of angle OUF  SUF  OUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry H  
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HA 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HC 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry SUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry OUF
 DCART: temperature coupling (TCOUpling) enabled
REMARK line 612, time_step = 0.0005
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00390      0.00974     -0.03693
         ang. mom. [amu A/ps]  : -35462.68696-354492.11735  14929.71768
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.19889
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 NBONDS: generating intra-molecular exclusion list with mode= 5
 MAKINB: mode   5 found  44023 exclusions and  36859 interactions(1-4)
 %atoms "A   -24  -THR -HG23" and "A   -27  -GLU -HB2 " only  1.21 A apart
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -50  -PHE -HA  " and "A   -53  -PHE -HD2 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.11 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.28 A apart
 %atoms "A   -146 -LYS -HA  " and "A   -146 -LYS -HE1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.37 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.14 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HD2 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HB1 " and "B   -86  -ALA -HB1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -174 -PRO -HA  " and "B   -113 -ILE -HD12" only  1.32 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HB  " and "A   -207 -LEU -HD11" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -282 -PRO -HG1 " and "A   -329 -LEU -HD22" only  1.40 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.33 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -337 -VAL -O   " and "A   -340 -ASP -HN  " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -8   -LYS -HN  " and "B   -9   -GLU -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -12  -ARG -HH21" and "B   -13  -THR -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -40  -VAL -HG21" and "B   -41  -PRO -HD2 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG1 " and "B   -45  -THR -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HD1 " and "B   -64  -GLU -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HB1 " and "B   -100 -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -136 -CYS -HB1 " and "B   -333 -TRP -HB1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -141 -SER -HG  " and "B   -145 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -153 -VAL -HN  " and "B   -245 -ILE -O   " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -HB1 " and "B   -194 -CYS -HB1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.23 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -O   " and "B   -201 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.08 A apart
 %atoms "B   -210 -PRO -HD1 " and "B   -303 -TYR -HD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -215 -ASN -OD1 " and "B   -218 -ARG -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -HD23" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.08 A apart
 %atoms "B   -284 -ASP -HA  " and "B   -288 -PHE -HD2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -288 -PHE -O   " and "B   -292 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.28 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.13 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.20 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.28 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.33 A apart
 NBONDS: found  3741222 intra-atom interactions
 NBONDS: found       62 nonbonded violations
 -------------------------- Cartesian dynamics start ---------------------------
 | E(kin)+E(total)=37472.511       E(kin)=12984.605     temperature=300.090    |
 | Etotal =24487.906  grad(E)=94.905     E(BOND)=2964.078   E(ANGL)=12393.175  |
 | E(DIHE)=4236.691   E(IMPR)=21998.395  E(VDW )=4034.192   E(ELEC)=-21138.624 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -50  -PHE -HA  " and "A   -53  -PHE -HD2 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.12 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.30 A apart
 %atoms "A   -146 -LYS -HA  " and "A   -146 -LYS -HE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.39 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.26 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HD2 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -174 -PRO -HA  " and "B   -113 -ILE -HD12" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HB  " and "A   -207 -LEU -HD11" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -282 -PRO -HG1 " and "A   -329 -LEU -HD22" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -337 -VAL -O   " and "A   -340 -ASP -HN  " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -12  -ARG -HH21" and "B   -13  -THR -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -15  -LEU -HN  " and "B   -15  -LEU -HD11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -40  -VAL -HG21" and "B   -41  -PRO -HD2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HD1 " and "B   -64  -GLU -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HB1 " and "B   -100 -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -136 -CYS -HB1 " and "B   -333 -TRP -HB1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -141 -SER -HG  " and "B   -145 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -153 -VAL -HN  " and "B   -245 -ILE -O   " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -HB1 " and "B   -194 -CYS -HB1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.26 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -O   " and "B   -201 -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.32 A apart
 %atoms "B   -210 -PRO -HD1 " and "B   -303 -TYR -HD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -215 -ASN -OD1 " and "B   -218 -ARG -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -284 -ASP -HA  " and "B   -288 -PHE -HD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -288 -PHE -O   " and "B   -292 -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.31 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3741229 intra-atom interactions
 NBONDS: found       58 nonbonded violations
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -50  -PHE -HA  " and "A   -53  -PHE -HD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.15 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.33 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.40 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HD2 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -282 -PRO -HG1 " and "A   -329 -LEU -HD22" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -337 -VAL -O   " and "A   -340 -ASP -HN  " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -12  -ARG -HH21" and "B   -13  -THR -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -15  -LEU -HN  " and "B   -15  -LEU -HD11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HD1 " and "B   -64  -GLU -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HB1 " and "B   -100 -GLN -HE21" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -136 -CYS -HB1 " and "B   -333 -TRP -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -141 -SER -HG  " and "B   -145 -ARG -HH11" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -153 -VAL -HN  " and "B   -245 -ILE -O   " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.32 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -O   " and "B   -201 -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -215 -ASN -OD1 " and "B   -218 -ARG -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.42 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.35 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.30 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3741253 intra-atom interactions
 NBONDS: found       49 nonbonded violations
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.18 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -337 -VAL -O   " and "A   -340 -ASP -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -12  -ARG -HH21" and "B   -13  -THR -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -15  -LEU -HN  " and "B   -15  -LEU -HD11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -29  -HIS -HD1 " and "B   -43  -VAL -HA  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HB1 " and "B   -100 -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -141 -SER -HG  " and "B   -145 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -153 -VAL -HN  " and "B   -245 -ILE -O   " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.37 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -O   " and "B   -201 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -215 -ASN -OD1 " and "B   -218 -ARG -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.30 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3741318 intra-atom interactions
 NBONDS: found       45 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.22 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.38 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -337 -VAL -O   " and "A   -340 -ASP -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -12  -ARG -HH21" and "B   -13  -THR -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -15  -LEU -HN  " and "B   -15  -LEU -HD11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -153 -VAL -HN  " and "B   -245 -ILE -O   " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -O   " and "B   -201 -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -215 -ASN -OD1 " and "B   -218 -ARG -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.20 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.34 A apart
 NBONDS: found  3741454 intra-atom interactions
 NBONDS: found       45 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.22 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.34 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HB1 " and "B   -86  -ALA -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HB  " and "A   -207 -LEU -HD11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -337 -VAL -O   " and "A   -340 -ASP -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -8   -LYS -HN  " and "B   -9   -GLU -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -125 -ASN -O   " and "B   -128 -GLN -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -153 -VAL -HN  " and "B   -245 -ILE -O   " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -HB1 " and "B   -194 -CYS -HB1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -197 -TRP -HE1 " and "B   -283 -SER -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.17 A apart
 %atoms "B   -215 -ASN -OD1 " and "B   -218 -ARG -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.16 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3741572 intra-atom interactions
 NBONDS: found       50 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -50  -PHE -HA  " and "A   -53  -PHE -HD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.20 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.30 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -154 -THR -HG1 " and "A   -155 -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.31 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HB1 " and "B   -86  -ALA -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HB  " and "A   -207 -LEU -HD11" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -8   -LYS -HN  " and "B   -9   -GLU -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG1 " and "B   -45  -THR -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HA  " and "B   -145 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -HB1 " and "B   -194 -CYS -HB1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -197 -TRP -HE1 " and "B   -283 -SER -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.28 A apart
 %atoms "B   -210 -PRO -HD1 " and "B   -303 -TYR -HD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -HD12" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.16 A apart
 %atoms "B   -284 -ASP -HA  " and "B   -288 -PHE -HD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.13 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.34 A apart
 NBONDS: found  3741436 intra-atom interactions
 NBONDS: found       52 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -50  -PHE -HA  " and "A   -53  -PHE -HD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -72  -TYR -HE1 " and "A   -106 -ARG -HD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.19 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.31 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "D   -44  -DC  -OP2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.29 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HB  " and "A   -207 -LEU -HD11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -8   -LYS -HN  " and "B   -9   -GLU -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG1 " and "B   -45  -THR -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -124 -LEU -HD11" and "B   -132 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HA  " and "B   -145 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -HB1 " and "B   -194 -CYS -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -197 -TRP -HE1 " and "B   -283 -SER -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -210 -PRO -HD1 " and "B   -303 -TYR -HD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -284 -ASP -HA  " and "B   -288 -PHE -HD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.13 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3741367 intra-atom interactions
 NBONDS: found       51 nonbonded violations
 -------------------- step=       10 at      0.00500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=39633.921       E(kin)=29806.923     temperature=688.873    |
 | Etotal =9826.998   grad(E)=60.450     E(BOND)=7846.220   E(ANGL)=13568.174  |
 | E(DIHE)=4250.970   E(IMPR)=5141.396   E(VDW )=827.700    E(ELEC)=-21807.463 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -24  -THR -O   " and "A   -28  -SER -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -46  -CYS -HN  " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -72  -TYR -HE1 " and "A   -106 -ARG -HD2 " only  1.29 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.20 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "D   -44  -DC  -OP2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -150 -HIS -HA  " and "A   -199 -GLN -HE22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -286 -HIS -HD1 " and "A   -328 -LYS -HZ1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -8   -LYS -HN  " and "B   -9   -GLU -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG1 " and "B   -45  -THR -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.37 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.36 A apart
 %atoms "B   -337 -VAL -O   " and "B   -340 -ASP -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.12 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3741241 intra-atom interactions
 NBONDS: found       42 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -72  -TYR -HE1 " and "A   -106 -ARG -HD2 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.23 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HG1 " and "A   -106 -ARG -HH21" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -OH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -139 -LEU -HD21" and "B   -271 -LEU -HD11" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.12 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.09 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.28 A apart
 NBONDS: found  3740885 intra-atom interactions
 NBONDS: found       35 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -72  -TYR -HE1 " and "A   -106 -ARG -HD2 " only  1.32 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.26 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -OH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -HH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -139 -LEU -HD21" and "B   -271 -LEU -HD11" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.37 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.10 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.11 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3740772 intra-atom interactions
 NBONDS: found       36 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -72  -TYR -HE1 " and "A   -106 -ARG -HD2 " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.27 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -29  -HIS -HD1 " and "B   -43  -VAL -HA  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -OH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -HH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -HB1 " and "B   -194 -CYS -HB1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -223 -LEU -HN  " and "B   -223 -LEU -HD12" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.14 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3740475 intra-atom interactions
 NBONDS: found       39 nonbonded violations
 %atoms "A   -7   -ASN -HD22" and "A   -9   -GLU -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -50  -PHE -HA  " and "A   -53  -PHE -HD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.25 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.30 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -OH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -HH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.32 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -HG21" and "B   -203 -ILE -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -HD11" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.44 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.00 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3740144 intra-atom interactions
 NBONDS: found       40 nonbonded violations
 -------------------- step=       20 at      0.01000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=32232.528       E(kin)=25098.149     temperature=580.048    |
 | Etotal =7134.379   grad(E)=61.039     E(BOND)=8658.926   E(ANGL)=13656.791  |
 | E(DIHE)=4263.178   E(IMPR)=3945.126   E(VDW )=-936.892   E(ELEC)=-22452.751 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HE  " and "A   -127 -ARG -HH22" only  1.35 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -72  -TYR -HH  " and "B   -106 -ARG -HG1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HE  " and "B   -127 -ARG -HH22" only  1.38 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.34 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -HD11" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.06 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.00 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.28 A apart
 NBONDS: found  3739914 intra-atom interactions
 NBONDS: found       38 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HE  " and "A   -127 -ARG -HH22" only  1.10 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG1 " and "B   -45  -THR -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HE  " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.23 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HE  " and "B   -127 -ARG -HH22" only  1.07 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -245 -ILE -HG23" and "B   -271 -LEU -HD21" only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.98 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "F   -41  -DA  -H1' " and "F   -42  -DT  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3739643 intra-atom interactions
 NBONDS: found       37 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HE  " and "A   -127 -ARG -HH22" only  1.25 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HE  " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.21 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HE  " and "B   -127 -ARG -HH22" only  1.18 A apart
 %atoms "B   -139 -LEU -HD21" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -246 -PHE -HE2 " and "B   -248 -HIS -HD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.95 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3739123 intra-atom interactions
 NBONDS: found       35 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HE  " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HE  " and "B   -127 -ARG -HH22" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.92 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3738709 intra-atom interactions
 NBONDS: found       36 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -284 -ASP -HA  " and "A   -288 -PHE -HD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -225 -ASN -HN  " and "B   -225 -ASN -HD21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.92 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.09 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3738259 intra-atom interactions
 NBONDS: found       36 nonbonded violations
 -------------------- step=       30 at      0.01500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=26511.009       E(kin)=25074.949     temperature=579.512    |
 | Etotal =1436.060   grad(E)=52.960     E(BOND)=7164.208   E(ANGL)=11804.530  |
 | E(DIHE)=4283.178   E(IMPR)=3339.006   E(VDW )=-2206.619  E(ELEC)=-22948.244 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -174 -PRO -HA  " and "B   -113 -ILE -HD13" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.05 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.91 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.05 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.22 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.28 A apart
 NBONDS: found  3737987 intra-atom interactions
 NBONDS: found       39 nonbonded violations
 %atoms "A   -74  -ASP -HA  " and "A   -106 -ARG -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.25 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.44 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.88 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.29 A apart
 NBONDS: found  3737560 intra-atom interactions
 NBONDS: found       36 nonbonded violations
 %atoms "A   -74  -ASP -HA  " and "A   -106 -ARG -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -139 -LEU -HD21" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -18  -DA  -H2''" and "C   -19  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.85 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3737151 intra-atom interactions
 NBONDS: found       37 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.23 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -191 -THR -HN  " and "A   -191 -THR -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -139 -LEU -HD21" and "B   -272 -PRO -HD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H5' " and "D   -45  -DT  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.83 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3736807 intra-atom interactions
 NBONDS: found       38 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.21 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH11" only  1.00 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.04 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.83 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.99 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "E   -22  -DG  -H5' " and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3736414 intra-atom interactions
 NBONDS: found       35 nonbonded violations
 -------------------- step=       40 at      0.02000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=21243.555       E(kin)=21555.121     temperature=498.164    |
 | Etotal =-311.566   grad(E)=60.520     E(BOND)=7779.944   E(ANGL)=9780.648   |
 | E(DIHE)=4285.553   E(IMPR)=3236.864   E(VDW )=-2325.249  E(ELEC)=-23069.327 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.20 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.32 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.20 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -34  -DA  -H2''" and "D   -35  -DC  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.00 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.84 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.98 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.33 A apart
 NBONDS: found  3736034 intra-atom interactions
 NBONDS: found       32 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.19 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.34 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.34 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.01 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.83 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.00 A apart
 %atoms "E   -10  -DC  -H42 " and "F   -47  -DG  -O6  " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3735661 intra-atom interactions
 NBONDS: found       30 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.19 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -245 -ILE -HG22" and "B   -271 -LEU -HD21" only  1.35 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.83 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.10 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "E   -10  -DC  -H42 " and "F   -47  -DG  -O6  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3735248 intra-atom interactions
 NBONDS: found       31 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.18 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.85 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3734904 intra-atom interactions
 NBONDS: found       30 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.18 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HG1 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.31 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  0.99 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.86 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3734477 intra-atom interactions
 NBONDS: found       31 nonbonded violations
 -------------------- step=       50 at      0.02500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=17901.952       E(kin)=19733.474     temperature=456.064    |
 | Etotal =-1831.523  grad(E)=49.582     E(BOND)=6401.899   E(ANGL)=10206.049  |
 | E(DIHE)=4291.696   E(IMPR)=3604.972   E(VDW )=-3308.861  E(ELEC)=-23027.277 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.21 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HB2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -HA  " and "B   -271 -LEU -HD22" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  0.98 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.86 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3734151 intra-atom interactions
 NBONDS: found       29 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.23 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HB2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.17 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.00 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.85 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.06 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 NBONDS: found  3733769 intra-atom interactions
 NBONDS: found       28 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HB2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.28 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HB1 " and "A   -127 -ARG -HE  " only  1.21 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HB1 " and "B   -127 -ARG -HE  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.86 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 NBONDS: found  3733574 intra-atom interactions
 NBONDS: found       30 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.24 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HB1 " and "A   -127 -ARG -HE  " only  1.28 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.87 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.09 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 NBONDS: found  3733123 intra-atom interactions
 NBONDS: found       31 nonbonded violations
 -------------------- step=       60 at      0.03000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=14321.430       E(kin)=18893.009     temperature=436.640    |
 | Etotal =-4571.579  grad(E)=51.987     E(BOND)=5920.696   E(ANGL)=9657.987   |
 | E(DIHE)=4292.203   E(IMPR)=2655.850   E(VDW )=-3724.766  E(ELEC)=-23373.549 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -74  -ASP -HA  " and "A   -106 -ARG -HD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.25 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -70  -LYS -HD1 " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HB1 " and "B   -106 -ARG -HD2 " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.88 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.10 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.20 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2''" and "E   -26  -DT  -O5' " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 NBONDS: found  3732760 intra-atom interactions
 NBONDS: found       31 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.28 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -70  -LYS -HD1 " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.31 A apart
 %atoms "B   -70  -LYS -HZ1 " and "B   -106 -ARG -HE  " only  1.34 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HB1 " and "B   -106 -ARG -HD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.05 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.89 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.16 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 NBONDS: found  3732367 intra-atom interactions
 NBONDS: found       28 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.31 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HB2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -70  -LYS -HD1 " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -70  -LYS -HZ1 " and "B   -106 -ARG -HE  " only  1.21 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HN  " and "B   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.90 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 NBONDS: found  3732269 intra-atom interactions
 NBONDS: found       29 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.33 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HB2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -70  -LYS -HZ1 " and "B   -106 -ARG -HE  " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.10 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.90 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.09 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3732129 intra-atom interactions
 NBONDS: found       29 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.34 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.91 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.03 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.11 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3731627 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=       70 at      0.03500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=11383.452       E(kin)=17958.749     temperature=415.048    |
 | Etotal =-6575.297  grad(E)=51.151     E(BOND)=5293.840   E(ANGL)=9266.875   |
 | E(DIHE)=4282.677   E(IMPR)=2433.590   E(VDW )=-4160.603  E(ELEC)=-23691.675 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.34 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.20 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.93 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.01 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.07 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3731294 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.35 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "A   -106 -ARG -HH22" only  1.35 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.25 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.96 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.99 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.04 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3730770 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "A   -106 -ARG -HH22" only  1.14 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.97 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.06 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.97 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.04 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3730314 intra-atom interactions
 NBONDS: found       26 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.37 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "A   -106 -ARG -HH22" only  1.07 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  0.98 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.94 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.33 A apart
 NBONDS: found  3730033 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.39 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "A   -106 -ARG -HH22" only  1.40 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HN  " and "A   -166 -LYS -HD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.00 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.92 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.00 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -38  -DT  -H2''" and "F   -39  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3729602 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 -------------------- step=       80 at      0.04000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=8867.433        E(kin)=18214.476     temperature=420.958    |
 | Etotal =-9347.043  grad(E)=44.252     E(BOND)=5141.486   E(ANGL)=7544.313   |
 | E(DIHE)=4271.357   E(IMPR)=2219.508   E(VDW )=-4524.060  E(ELEC)=-23999.647 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.41 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.10 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.91 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  0.97 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.36 A apart
 NBONDS: found  3728902 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "A   -179 -THR -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2''" and "D   -45  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.05 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.91 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.00 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H22 " and "F   -44  -DC  -O2  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 NBONDS: found  3728231 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.05 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.92 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.00 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H22 " and "F   -44  -DC  -O2  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 NBONDS: found  3727684 intra-atom interactions
 NBONDS: found       23 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.92 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  0.98 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.13 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3727303 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=       90 at      0.04500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=6749.537        E(kin)=16508.684     temperature=381.535    |
 | Etotal =-9759.147  grad(E)=48.138     E(BOND)=4943.435   E(ANGL)=7596.466   |
 | E(DIHE)=4251.528   E(IMPR)=2357.700   E(VDW )=-4780.077  E(ELEC)=-24128.199 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -24  -THR -HN  " and "A   -24  -THR -HG22" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -154 -THR -HG1 " and "B   -155 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -25  -DG  -H1  " and "D   -32  -DC  -H42 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.10 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.94 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  0.98 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3726755 intra-atom interactions
 NBONDS: found       27 nonbonded violations
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HD21" and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.97 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.01 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3726064 intra-atom interactions
 NBONDS: found       26 nonbonded violations
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HD21" and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.28 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.99 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  0.99 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3725619 intra-atom interactions
 NBONDS: found       26 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 WRITEC: CORD sets starting from step      100 are written every   100  steps
 WRITEC: where    14516 atoms are "free"
 -------------------- step=      100 at      0.05000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=5096.682        E(kin)=16043.583     temperature=370.786    |
 | Etotal =-10946.901 grad(E)=44.250     E(BOND)=4566.839   E(ANGL)=7520.350   |
 | E(DIHE)=4238.420   E(IMPR)=1897.413   E(VDW )=-4955.523  E(ELEC)=-24214.400 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HD21" and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -24  -THR -HN  " and "B   -24  -THR -HG22" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.31 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  0.99 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  0.99 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3725065 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -24  -THR -HN  " and "A   -24  -THR -HG22" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HD21" and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.02 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3724497 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -24  -THR -HN  " and "A   -24  -THR -HG22" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -O   " and "B   -135 -THR -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.06 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.04 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3723902 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -O   " and "B   -135 -THR -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.06 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.07 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3723201 intra-atom interactions
 NBONDS: found       23 nonbonded violations
 -------------------- step=      110 at      0.05500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=3393.209        E(kin)=15539.724     temperature=359.141    |
 | Etotal =-12146.515 grad(E)=42.206     E(BOND)=4375.523   E(ANGL)=6939.776   |
 | E(DIHE)=4225.010   E(IMPR)=1849.301   E(VDW )=-5111.183  E(ELEC)=-24424.942 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -88  -THR -HN  " and "A   -91  -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.07 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -O   " and "B   -135 -THR -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.07 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -36  -DA  -H2''" and "F   -37  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3722665 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HG2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2' " and "C   -16  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -35  -DC  -H2''" and "D   -36  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -53  -DC  -H2''" and "F   -54  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3722026 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HG2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -HA  " and "B   -271 -LEU -HD21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3721453 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      120 at      0.06000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=2492.375        E(kin)=15464.090     temperature=357.393    |
 | Etotal =-12971.715 grad(E)=42.061     E(BOND)=3995.484   E(ANGL)=6577.592   |
 | E(DIHE)=4223.575   E(IMPR)=2158.823   E(VDW )=-5200.471  E(ELEC)=-24726.719 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.07 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3720623 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.27 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 NBONDS: found  3719935 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.36 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HE  " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.38 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.14 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.14 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 NBONDS: found  3719387 intra-atom interactions
 NBONDS: found       23 nonbonded violations
 -------------------- step=      130 at      0.06500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=1296.336        E(kin)=14756.219     temperature=341.034    |
 | Etotal =-13459.883 grad(E)=41.734     E(BOND)=4195.512   E(ANGL)=6656.820   |
 | E(DIHE)=4225.106   E(IMPR)=1907.287   E(VDW )=-5336.533  E(ELEC)=-25108.076 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.35 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "A   -106 -ARG -HH22" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HE  " and "B   -106 -ARG -HH22" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.33 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.17 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2' " and "F   -46  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3718704 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.33 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH12" and "A   -106 -ARG -HH22" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HB1 " and "B   -106 -ARG -HD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2' " and "F   -46  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3718097 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.32 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -100 -GLN -HE22" and "E   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2' " and "F   -46  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3717518 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.34 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.16 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2' " and "F   -46  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3716920 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 -------------------- step=      140 at      0.07000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=624.114         E(kin)=13976.759     temperature=323.019    |
 | Etotal =-13352.645 grad(E)=43.336     E(BOND)=4576.292   E(ANGL)=7057.379   |
 | E(DIHE)=4216.887   E(IMPR)=1636.583   E(VDW )=-5429.413  E(ELEC)=-25410.373 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.36 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2' " and "F   -46  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3716510 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.35 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2' " and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H71 " and "D   -55  -DG  -H1  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2' " and "F   -46  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3716100 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HE22" and "C   -9   -DA  -H61 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3715484 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 -------------------- step=      150 at      0.07500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-343.086        E(kin)=14944.635     temperature=345.388    |
 | Etotal =-15287.722 grad(E)=40.696     E(BOND)=3604.117   E(ANGL)=6105.159   |
 | E(DIHE)=4222.583   E(IMPR)=1777.069   E(VDW )=-5481.368  E(ELEC)=-25515.282 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.46 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.16 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -33  -DG  -H2''" and "F   -34  -DA  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3714932 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2' " and "E   -27  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3714127 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      160 at      0.08000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-953.787        E(kin)=13690.613     temperature=316.406    |
 | Etotal =-14644.400 grad(E)=41.959     E(BOND)=4342.232   E(ANGL)=6273.653   |
 | E(DIHE)=4228.746   E(IMPR)=1633.774   E(VDW )=-5503.872  E(ELEC)=-25618.934 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE1 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3713333 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -24  -DC  -H6  " and "C   -24  -DC  -H2' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3712672 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -47  -GLU -HG2 " and "D   -31  -DA  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3712110 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 %atoms "A   -47  -GLU -HG2 " and "D   -31  -DA  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3711677 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      170 at      0.08500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-1443.653       E(kin)=14324.105     temperature=331.047    |
 | Etotal =-15767.758 grad(E)=41.005     E(BOND)=3617.280   E(ANGL)=5855.772   |
 | E(DIHE)=4230.299   E(IMPR)=1837.998   E(VDW )=-5527.022  E(ELEC)=-25782.085 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -47  -GLU -HG2 " and "D   -31  -DA  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3711147 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -65  -HIS -HB2 " and "A   -66  -GLY -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -27  -DT  -H2''" and "C   -28  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3710551 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3709715 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      180 at      0.09000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-2154.070       E(kin)=13902.920     temperature=321.313    |
 | Etotal =-16056.989 grad(E)=39.840     E(BOND)=3519.632   E(ANGL)=5870.281   |
 | E(DIHE)=4237.610   E(IMPR)=1898.472   E(VDW )=-5565.364  E(ELEC)=-26017.621 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.32 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -15  -DA  -H2''" and "C   -16  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3709076 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -107 -LEU -HN  " and "B   -108 -ARG -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "E   -26  -DT  -H2''" and "E   -27  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3708596 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -107 -LEU -HN  " and "B   -108 -ARG -HN  " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 NBONDS: found  3708031 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 -------------------- step=      190 at      0.09500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-2550.055       E(kin)=13628.344     temperature=314.967    |
 | Etotal =-16178.398 grad(E)=39.155     E(BOND)=3600.023   E(ANGL)=5887.255   |
 | E(DIHE)=4247.900   E(IMPR)=1992.070   E(VDW )=-5597.576  E(ELEC)=-26308.072 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -107 -LEU -HN  " and "B   -108 -ARG -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3707324 intra-atom interactions
 NBONDS: found       12 nonbonded violations
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.23 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HB1 " and "A   -127 -ARG -HE  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -107 -LEU -HN  " and "B   -108 -ARG -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.20 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3706584 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ2 " and "B   -173 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -172 -VAL -HG21" and "B   -173 -ASP -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H6  " and "F   -54  -DT  -H2' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3705863 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      200 at      0.10000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-2726.798       E(kin)=13642.366     temperature=315.291    |
 | Etotal =-16369.164 grad(E)=41.466     E(BOND)=3566.393   E(ANGL)=6163.008   |
 | E(DIHE)=4261.987   E(IMPR)=1787.209   E(VDW )=-5602.053  E(ELEC)=-26545.709 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "B   -172 -VAL -HG21" and "B   -173 -ASP -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3705309 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.26 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.35 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3704816 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.41 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.22 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3704304 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 -------------------- step=      210 at      0.10500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-3514.299       E(kin)=14144.143     temperature=326.888    |
 | Etotal =-17658.442 grad(E)=38.441     E(BOND)=3278.129   E(ANGL)=5542.526   |
 | E(DIHE)=4279.616   E(IMPR)=1537.360   E(VDW )=-5617.362  E(ELEC)=-26678.711 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3703721 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HE21" and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.35 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3703280 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3702606 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 -------------------- step=      220 at      0.11000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-3761.388       E(kin)=13006.445     temperature=300.594    |
 | Etotal =-16767.833 grad(E)=41.135     E(BOND)=4118.638   E(ANGL)=5699.043   |
 | E(DIHE)=4299.751   E(IMPR)=1551.511   E(VDW )=-5635.315  E(ELEC)=-26801.460 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3701683 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HE21" and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3700987 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3700530 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3700040 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 -------------------- step=      230 at      0.11500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-4116.133       E(kin)=13765.778     temperature=318.143    |
 | Etotal =-17881.911 grad(E)=39.431     E(BOND)=3159.327   E(ANGL)=5506.193   |
 | E(DIHE)=4313.944   E(IMPR)=1764.818   E(VDW )=-5646.989  E(ELEC)=-26979.205 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3699595 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -52  -ARG -HH11" and "A   -59  -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3698871 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 %atoms "A   -52  -ARG -HH11" and "A   -59  -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.37 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ3 " and "B   -297 -GLU -HB2 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3698123 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 -------------------- step=      240 at      0.12000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-4465.264       E(kin)=13241.335     temperature=306.023    |
 | Etotal =-17706.599 grad(E)=39.683     E(BOND)=3637.699   E(ANGL)=5461.930   |
 | E(DIHE)=4327.720   E(IMPR)=1725.172   E(VDW )=-5635.053  E(ELEC)=-27224.067 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3697577 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3697064 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 %atoms "A   -125 -ASN -HA  " and "A   -125 -ASN -HD21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3696526 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 -------------------- step=      250 at      0.12500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-4574.491       E(kin)=13697.419     temperature=316.564    |
 | Etotal =-18271.910 grad(E)=39.569     E(BOND)=3253.053   E(ANGL)=5437.359   |
 | E(DIHE)=4335.166   E(IMPR)=1740.740   E(VDW )=-5616.060  E(ELEC)=-27422.168 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -8   -DT  -H5' " and "C   -8   -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3695984 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -227 -ASN -HD21" and "A   -268 -TRP -HZ2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3695288 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -142 -ARG -HH11" and "B   -269 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3694888 intra-atom interactions
 NBONDS: found        5 nonbonded violations
 -------------------- step=      260 at      0.13000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-4871.680       E(kin)=13502.276     temperature=312.054    |
 | Etotal =-18373.956 grad(E)=37.869     E(BOND)=3410.551   E(ANGL)=5322.205   |
 | E(DIHE)=4335.094   E(IMPR)=1692.181   E(VDW )=-5574.139  E(ELEC)=-27559.848 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3694396 intra-atom interactions
 NBONDS: found        4 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3693854 intra-atom interactions
 NBONDS: found        5 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -149 -LEU -HN  " and "A   -149 -LEU -HD22" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3693215 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 -------------------- step=      270 at      0.13500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-5008.631       E(kin)=13410.675     temperature=309.937    |
 | Etotal =-18419.306 grad(E)=40.328     E(BOND)=3615.367   E(ANGL)=5175.718   |
 | E(DIHE)=4345.541   E(IMPR)=1557.571   E(VDW )=-5515.195  E(ELEC)=-27598.308 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -149 -LEU -HN  " and "A   -149 -LEU -HD22" only  1.50 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3692804 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD2 " and "A   -200 -SER -HG  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -12  -DA  -H2''" and "E   -13  -DG  -H5''" only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3692282 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD2 " and "A   -200 -SER -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -32  -DC  -H5' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3691631 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 -------------------- step=      280 at      0.14000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-5330.946       E(kin)=13291.531     temperature=307.183    |
 | Etotal =-18622.477 grad(E)=37.860     E(BOND)=3350.178   E(ANGL)=5401.094   |
 | E(DIHE)=4354.502   E(IMPR)=1439.745   E(VDW )=-5509.204  E(ELEC)=-27658.793 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD2 " and "A   -200 -SER -HG  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3690929 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD2 " and "A   -200 -SER -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3690076 intra-atom interactions
 NBONDS: found        6 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3689493 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 -------------------- step=      290 at      0.14500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-5566.976       E(kin)=13446.194     temperature=310.757    |
 | Etotal =-19013.170 grad(E)=37.078     E(BOND)=3297.572   E(ANGL)=5058.589   |
 | E(DIHE)=4357.005   E(IMPR)=1674.027   E(VDW )=-5507.297  E(ELEC)=-27893.065 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD1 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD2 " and "A   -200 -SER -HG  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -HB2 " and "B   -199 -GLN -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3688775 intra-atom interactions
 NBONDS: found        9 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -114 -GLN -HE22" and "E   -8   -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH12" and "B   -127 -ARG -HH21" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -HB2 " and "B   -199 -GLN -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3688162 intra-atom interactions
 NBONDS: found        9 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      300 at      0.15000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-5778.635       E(kin)=13469.363     temperature=311.293    |
 | Etotal =-19247.998 grad(E)=37.312     E(BOND)=3178.142   E(ANGL)=5095.066   |
 | E(DIHE)=4356.753   E(IMPR)=1767.485   E(VDW )=-5509.484  E(ELEC)=-28135.960 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -114 -GLN -HE22" and "E   -8   -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -HB2 " and "B   -199 -GLN -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3687479 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -114 -GLN -HE22" and "E   -8   -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.19 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -HB2 " and "B   -199 -GLN -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3686807 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -114 -GLN -HE22" and "E   -8   -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -HB2 " and "B   -199 -GLN -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.28 A apart
 NBONDS: found  3686252 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      310 at      0.15500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-5890.182       E(kin)=13335.356     temperature=308.196    |
 | Etotal =-19225.539 grad(E)=39.915     E(BOND)=3286.092   E(ANGL)=5141.102   |
 | E(DIHE)=4359.768   E(IMPR)=1790.141   E(VDW )=-5469.601  E(ELEC)=-28333.040 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -114 -GLN -HE22" and "E   -8   -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.24 A apart
 NBONDS: found  3685682 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.15 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.21 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3685230 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -249 -ASP -OD1 " and "B   -254 -HIS -HD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H6  " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3684543 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      320 at      0.16000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6029.128       E(kin)=12993.090     temperature=300.286    |
 | Etotal =-19022.218 grad(E)=38.503     E(BOND)=3400.421   E(ANGL)=5409.345   |
 | E(DIHE)=4366.347   E(IMPR)=1655.654   E(VDW )=-5436.093  E(ELEC)=-28417.892 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.28 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.17 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H6  " only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3684011 intra-atom interactions
 NBONDS: found       12 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -44  -LYS -HZ2 " and "A   -47  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.16 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3683290 intra-atom interactions
 NBONDS: found       12 nonbonded violations
 -------------------- step=      330 at      0.16500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6237.108       E(kin)=13328.241     temperature=308.031    |
 | Etotal =-19565.349 grad(E)=37.023     E(BOND)=3133.967   E(ANGL)=5123.603   |
 | E(DIHE)=4366.148   E(IMPR)=1675.899   E(VDW )=-5416.786  E(ELEC)=-28448.180 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.39 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.22 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.13 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3682463 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.37 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.10 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3681858 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.39 A apart
 %atoms "A   -101 -GLN -HB2 " and "D   -46  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.31 A apart
 %atoms "B   -328 -LYS -HZ3 " and "B   -331 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.09 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3681456 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      340 at      0.17000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6362.953       E(kin)=13166.820     temperature=304.301    |
 | Etotal =-19529.773 grad(E)=36.489     E(BOND)=3201.568   E(ANGL)=5304.444   |
 | E(DIHE)=4378.420   E(IMPR)=1556.478   E(VDW )=-5411.392  E(ELEC)=-28559.290 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.41 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HB1 " and "A   -100 -GLN -HE21" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3680709 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HB1 " and "A   -100 -GLN -HE21" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -308 -LYS -HZ3 " and "B   -312 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3680149 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      350 at      0.17500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6621.957       E(kin)=13348.797     temperature=308.506    |
 | Etotal =-19970.754 grad(E)=37.653     E(BOND)=3055.171   E(ANGL)=5279.752   |
 | E(DIHE)=4382.759   E(IMPR)=1465.272   E(VDW )=-5391.908  E(ELEC)=-28761.799 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -100 -GLN -HB1 " and "A   -100 -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -308 -LYS -HZ3 " and "B   -312 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.05 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3679783 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.34 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -308 -LYS -HZ3 " and "B   -312 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3679288 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.32 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -308 -LYS -HZ3 " and "B   -312 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3678591 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 -------------------- step=      360 at      0.18000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6677.638       E(kin)=12952.254     temperature=299.342    |
 | Etotal =-19629.892 grad(E)=38.240     E(BOND)=3272.528   E(ANGL)=5348.561   |
 | E(DIHE)=4399.109   E(IMPR)=1700.123   E(VDW )=-5354.713  E(ELEC)=-28995.500 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -12  -ARG -HH22" and "B   -10  -GLN -HE22" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.28 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3678048 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.24 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3677482 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.24 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.09 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3677030 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 -------------------- step=      370 at      0.18500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6815.650       E(kin)=13301.372     temperature=307.410    |
 | Etotal =-20117.022 grad(E)=35.407     E(BOND)=3172.623   E(ANGL)=5042.731   |
 | E(DIHE)=4404.997   E(IMPR)=1683.382   E(VDW )=-5287.162  E(ELEC)=-29133.594 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.28 A apart
 %atoms "A   -86  -ALA -HB1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -168 -LYS -HZ1 " and "B   -86  -ALA -HB1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.12 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3676515 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.25 A apart
 %atoms "A   -86  -ALA -HB1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -168 -LYS -HZ1 " and "B   -86  -ALA -HB1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.13 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3676043 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.24 A apart
 %atoms "A   -72  -TYR -HE1 " and "A   -106 -ARG -HG2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -86  -ALA -HB1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.33 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -156 -ASP -OD1 " and "A   -283 -SER -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -168 -LYS -HZ1 " and "B   -86  -ALA -HB1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -288 -PHE -HB1 " and "D   -55  -DG  -H4' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3675528 intra-atom interactions
 NBONDS: found       26 nonbonded violations
 -------------------- step=      380 at      0.19000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-6980.599       E(kin)=13320.185     temperature=307.845    |
 | Etotal =-20300.784 grad(E)=35.403     E(BOND)=3391.407   E(ANGL)=4919.721   |
 | E(DIHE)=4423.435   E(IMPR)=1297.416   E(VDW )=-5188.993  E(ELEC)=-29143.770 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.27 A apart
 %atoms "A   -86  -ALA -HB1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -156 -ASP -OD1 " and "A   -283 -SER -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -288 -PHE -HB1 " and "D   -55  -DG  -H4' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3674702 intra-atom interactions
 NBONDS: found       23 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.32 A apart
 %atoms "A   -86  -ALA -HB1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -156 -ASP -OD1 " and "A   -283 -SER -HG  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3674170 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=      390 at      0.19500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7115.808       E(kin)=13341.930     temperature=308.348    |
 | Etotal =-20457.739 grad(E)=35.639     E(BOND)=3076.275   E(ANGL)=4960.055   |
 | E(DIHE)=4428.997   E(IMPR)=1389.954   E(VDW )=-5151.320  E(ELEC)=-29161.701 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -86  -ALA -HB1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH22" and "D   -43  -DA  -H3' " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -156 -ASP -OD1 " and "A   -283 -SER -HG  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -44  -DC  -H2' " and "D   -45  -DT  -H72 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3673592 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -156 -ASP -OD1 " and "A   -283 -SER -HG  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3672831 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -8   -LYS -HZ1 " and "C   -21  -DT  -H4' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -156 -ASP -OD1 " and "A   -283 -SER -HG  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -157 -GLU -OE2 " and "A   -194 -CYS -HG  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HG1 " and "F   -46  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.41 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3672355 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      400 at      0.20000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7138.521       E(kin)=13065.109     temperature=301.950    |
 | Etotal =-20203.630 grad(E)=37.172     E(BOND)=3125.885   E(ANGL)=5064.192   |
 | E(DIHE)=4440.198   E(IMPR)=1585.585   E(VDW )=-5128.698  E(ELEC)=-29290.792 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.41 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H6  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3671487 intra-atom interactions
 NBONDS: found       20 nonbonded violations
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.18 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -43  -DA  -H2''" and "F   -44  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3671004 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      410 at      0.20500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7328.724       E(kin)=13140.790     temperature=303.699    |
 | Etotal =-20469.514 grad(E)=36.419     E(BOND)=3016.467   E(ANGL)=5167.034   |
 | E(DIHE)=4447.182   E(IMPR)=1489.872   E(VDW )=-5139.640  E(ELEC)=-29450.429 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "B   -85  -ASP -OD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3670518 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -9   -GLU -HG2 " and "A   -12  -ARG -HH21" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "B   -85  -ASP -OD1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH22" and "B   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3670028 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -21  -LEU -HB1 " and "A   -23  -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "B   -85  -ASP -OD1 " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -173 -ASP -OD2 " and "B   -112 -LYS -HZ2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH22" and "B   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3669565 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 -------------------- step=      420 at      0.21000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7323.523       E(kin)=12711.938     temperature=293.788    |
 | Etotal =-20035.461 grad(E)=37.004     E(BOND)=3723.948   E(ANGL)=4874.259   |
 | E(DIHE)=4453.485   E(IMPR)=1670.475   E(VDW )=-5154.607  E(ELEC)=-29603.022 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -HG  " and "B   -85  -ASP -OD1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -108 -ARG -HD2 " and "B   -108 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH22" and "B   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3668764 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -205 -TYR -HH  " and "A   -311 -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH22" and "B   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.17 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3668265 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH22" and "B   -279 -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.17 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3667635 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 -------------------- step=      430 at      0.21500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7383.520       E(kin)=13360.303     temperature=308.772    |
 | Etotal =-20743.823 grad(E)=35.343     E(BOND)=3376.644   E(ANGL)=4727.365   |
 | E(DIHE)=4462.632   E(IMPR)=1559.092   E(VDW )=-5184.962  E(ELEC)=-29684.594 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3666971 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3666586 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 -------------------- step=      440 at      0.22000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7503.081       E(kin)=12947.845     temperature=299.240    |
 | Etotal =-20450.926 grad(E)=35.414     E(BOND)=3224.791   E(ANGL)=5147.476   |
 | E(DIHE)=4472.791   E(IMPR)=1639.168   E(VDW )=-5189.144  E(ELEC)=-29746.008 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.40 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3666002 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -9   -GLU -OE2 " and "B   -12  -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.33 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H5''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3665466 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 -------------------- step=      450 at      0.22500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7607.100       E(kin)=13517.654     temperature=312.409    |
 | Etotal =-21124.754 grad(E)=36.644     E(BOND)=2901.185   E(ANGL)=5068.181   |
 | E(DIHE)=4479.805   E(IMPR)=1337.763   E(VDW )=-5202.582  E(ELEC)=-29709.106 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -62  -ASP -OD2 " and "A   -65  -HIS -HE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3665019 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -62  -ASP -OD2 " and "A   -65  -HIS -HE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.22 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -16  -DT  -H2''" and "E   -17  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3664442 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -62  -ASP -OD2 " and "A   -65  -HIS -HE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.33 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HE  " and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.19 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.36 A apart
 NBONDS: found  3663971 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 -------------------- step=      460 at      0.23000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7664.873       E(kin)=13097.312     temperature=302.694    |
 | Etotal =-20762.185 grad(E)=36.099     E(BOND)=3024.084   E(ANGL)=5186.877   |
 | E(DIHE)=4481.948   E(IMPR)=1476.832   E(VDW )=-5228.551  E(ELEC)=-29703.374 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2' " and "D   -42  -DT  -H73 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3663560 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.37 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.17 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3662922 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.37 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.16 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.23 A apart
 NBONDS: found  3662374 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 -------------------- step=      470 at      0.23500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7766.222       E(kin)=12920.221     temperature=298.602    |
 | Etotal =-20686.443 grad(E)=37.436     E(BOND)=3022.270   E(ANGL)=5236.751   |
 | E(DIHE)=4489.778   E(IMPR)=1641.850   E(VDW )=-5229.131  E(ELEC)=-29847.961 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.23 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.33 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.16 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.20 A apart
 NBONDS: found  3661974 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.35 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ1 " and "A   -312 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -74  -ASP -OD2 " and "B   -106 -ARG -HH12" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2''" and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.45 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.17 A apart
 NBONDS: found  3661267 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      480 at      0.24000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7827.206       E(kin)=12956.574     temperature=299.442    |
 | Etotal =-20783.780 grad(E)=36.586     E(BOND)=3062.849   E(ANGL)=5323.239   |
 | E(DIHE)=4495.811   E(IMPR)=1583.012   E(VDW )=-5241.465  E(ELEC)=-30007.225 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.30 A apart
 %atoms "A   -77  -LEU -HG  " and "A   -106 -ARG -HG2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.24 A apart
 %atoms "B   -74  -ASP -OD2 " and "B   -106 -ARG -HH12" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.34 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.14 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.16 A apart
 NBONDS: found  3660732 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.28 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.24 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.35 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.14 A apart
 NBONDS: found  3660290 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.30 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.23 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2''" and "D   -39  -DT  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.11 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.16 A apart
 NBONDS: found  3659804 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 -------------------- step=      490 at      0.24500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7869.464       E(kin)=12954.998     temperature=299.405    |
 | Etotal =-20824.462 grad(E)=35.908     E(BOND)=3448.216   E(ANGL)=5070.397   |
 | E(DIHE)=4502.313   E(IMPR)=1452.522   E(VDW )=-5237.935  E(ELEC)=-30059.975 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.33 A apart
 %atoms "A   -77  -LEU -HG  " and "A   -106 -ARG -HG2 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.22 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H2''" and "D   -42  -DT  -H6  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3659210 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.21 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3658578 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      500 at      0.25000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7913.124       E(kin)=13171.233     temperature=304.403    |
 | Etotal =-21084.357 grad(E)=36.167     E(BOND)=3030.385   E(ANGL)=5276.914   |
 | E(DIHE)=4509.227   E(IMPR)=1366.006   E(VDW )=-5206.437  E(ELEC)=-30060.453 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.21 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3658230 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.24 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3657443 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.25 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH11" and "B   -130 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3656900 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 -------------------- step=      510 at      0.25500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7902.210       E(kin)=12976.005     temperature=299.891    |
 | Etotal =-20878.215 grad(E)=36.300     E(BOND)=3243.470   E(ANGL)=5276.594   |
 | E(DIHE)=4519.515   E(IMPR)=1397.697   E(VDW )=-5184.420  E(ELEC)=-30131.072 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG21" and "A   -43  -VAL -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ1 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.26 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.14 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3656170 intra-atom interactions
 NBONDS: found       20 nonbonded violations
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -HG21" and "A   -43  -VAL -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -234 -ARG -HH22" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.28 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3655553 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.27 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH11" and "B   -130 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.16 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2' " and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3654495 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 -------------------- step=      520 at      0.26000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8007.961       E(kin)=13086.570     temperature=302.446    |
 | Etotal =-21094.531 grad(E)=36.583     E(BOND)=3132.304   E(ANGL)=5205.978   |
 | E(DIHE)=4529.646   E(IMPR)=1474.637   E(VDW )=-5163.430  E(ELEC)=-30273.666 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.27 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.16 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3653752 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -13  -THR -HG1 " and "B   -10  -GLN -HG2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.11 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH11" and "B   -130 -GLU -OE2 " only  1.33 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -38  -DT  -H2' " and "D   -39  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.19 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3652870 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      530 at      0.26500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-7917.556       E(kin)=12967.427     temperature=299.693    |
 | Etotal =-20884.983 grad(E)=37.723     E(BOND)=3421.617   E(ANGL)=5208.317   |
 | E(DIHE)=4531.826   E(IMPR)=1489.471   E(VDW )=-5167.205  E(ELEC)=-30369.010 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -267 -ASN -HA  " and "A   -267 -ASN -HD21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.31 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH11" and "B   -130 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3651995 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.33 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -249 -ASP -OD1 " and "B   -254 -HIS -HD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3651349 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      540 at      0.27000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8164.533       E(kin)=13336.825     temperature=308.230    |
 | Etotal =-21501.358 grad(E)=35.644     E(BOND)=2977.870   E(ANGL)=5223.724   |
 | E(DIHE)=4544.873   E(IMPR)=1415.177   E(VDW )=-5224.852  E(ELEC)=-30438.150 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.34 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HH11" and "B   -130 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -209 -LYS -HZ3 " and "B   -212 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.50 A apart
 NBONDS: found  3650944 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -42  -THR -HG21" and "A   -43  -VAL -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.34 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.26 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3650278 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 %atoms "A   -42  -THR -HG21" and "A   -43  -VAL -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -142 -ARG -HH12" and "A   -269 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -63  -LYS -HZ1 " and "E   -19  -DA  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.41 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H2''" and "C   -7   -DG  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -43  -DA  -H2''" and "D   -44  -DC  -H5''" only  1.47 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3649823 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      550 at      0.27500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8191.837       E(kin)=13025.155     temperature=301.027    |
 | Etotal =-21216.992 grad(E)=35.643     E(BOND)=3260.456   E(ANGL)=5291.527   |
 | E(DIHE)=4552.999   E(IMPR)=1403.276   E(VDW )=-5280.339  E(ELEC)=-30444.910 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.40 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.50 A apart
 NBONDS: found  3649142 intra-atom interactions
 NBONDS: found        9 nonbonded violations
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.50 A apart
 NBONDS: found  3648420 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 -------------------- step=      560 at      0.28000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8254.919       E(kin)=13060.949     temperature=301.854    |
 | Etotal =-21315.868 grad(E)=35.151     E(BOND)=3166.396   E(ANGL)=5259.354   |
 | E(DIHE)=4564.883   E(IMPR)=1398.569   E(VDW )=-5294.982  E(ELEC)=-30410.088 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -67  -LYS -HZ3 " and "F   -42  -DT  -H4' " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.42 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3647484 intra-atom interactions
 NBONDS: found        9 nonbonded violations
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.43 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3647089 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 -------------------- step=      570 at      0.28500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8262.248       E(kin)=13134.800     temperature=303.561    |
 | Etotal =-21397.048 grad(E)=35.748     E(BOND)=3201.640   E(ANGL)=5061.394   |
 | E(DIHE)=4570.576   E(IMPR)=1484.336   E(VDW )=-5276.320  E(ELEC)=-30438.673 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3646236 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE1 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3645446 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      580 at      0.29000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8288.850       E(kin)=13066.322     temperature=301.978    |
 | Etotal =-21355.172 grad(E)=36.475     E(BOND)=3213.263   E(ANGL)=5147.608   |
 | E(DIHE)=4583.423   E(IMPR)=1478.172   E(VDW )=-5252.944  E(ELEC)=-30524.695 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ2 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3645163 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ2 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -257 -ARG -HH21" and "B   -261 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3644351 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      590 at      0.29500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8456.215       E(kin)=13034.063     temperature=301.233    |
 | Etotal =-21490.278 grad(E)=35.359     E(BOND)=2970.278   E(ANGL)=5320.229   |
 | E(DIHE)=4585.784   E(IMPR)=1414.719   E(VDW )=-5177.637  E(ELEC)=-30603.652 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -42  -THR -HG1 " and "C   -22  -DG  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ2 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD2 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -257 -ARG -HH21" and "B   -261 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3643661 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.35 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HZ2 " and "A   -311 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -257 -ARG -HH21" and "B   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3642974 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      600 at      0.30000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8484.629       E(kin)=12967.266     temperature=299.689    |
 | Etotal =-21451.894 grad(E)=36.743     E(BOND)=3172.796   E(ANGL)=5149.516   |
 | E(DIHE)=4589.726   E(IMPR)=1401.851   E(VDW )=-5111.381  E(ELEC)=-30654.402 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O2  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.40 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.33 A apart
 %atoms "A   -340 -ASP -HB1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.23 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -51  -DA  -H2''" and "D   -52  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H3' " and "F   -56  -DA  -H5''" only  1.50 A apart
 NBONDS: found  3641935 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O2  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.34 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.37 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3641304 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O2  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.35 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3640868 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 -------------------- step=      610 at      0.30500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8439.349       E(kin)=12950.866     temperature=299.310    |
 | Etotal =-21390.215 grad(E)=35.682     E(BOND)=3165.798   E(ANGL)=5275.060   |
 | E(DIHE)=4590.591   E(IMPR)=1390.759   E(VDW )=-5122.703  E(ELEC)=-30689.719 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O2  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD2 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ2 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3640196 intra-atom interactions
 NBONDS: found        9 nonbonded violations
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O2  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -20  -DA  -H2''" and "C   -21  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5' " only  1.50 A apart
 NBONDS: found  3639810 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 -------------------- step=      620 at      0.31000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8479.908       E(kin)=12899.369     temperature=298.120    |
 | Etotal =-21379.277 grad(E)=36.279     E(BOND)=3153.456   E(ANGL)=5197.649   |
 | E(DIHE)=4588.782   E(IMPR)=1504.601   E(VDW )=-5090.460  E(ELEC)=-30733.306 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3638847 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "E   -17  -DG  -H1  " and "F   -40  -DC  -H42 " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3637992 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.26 A apart
 %atoms "E   -17  -DG  -H1  " and "F   -40  -DC  -H42 " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3637567 intra-atom interactions
 NBONDS: found        7 nonbonded violations
 -------------------- step=      630 at      0.31500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8531.669       E(kin)=12902.416     temperature=298.190    |
 | Etotal =-21434.085 grad(E)=35.774     E(BOND)=3106.521   E(ANGL)=5127.950   |
 | E(DIHE)=4578.315   E(IMPR)=1539.880   E(VDW )=-5026.717  E(ELEC)=-30760.033 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.23 A apart
 %atoms "E   -17  -DG  -H1  " and "F   -40  -DC  -H42 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3636797 intra-atom interactions
 NBONDS: found        8 nonbonded violations
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.22 A apart
 %atoms "E   -17  -DG  -H1  " and "F   -40  -DC  -H42 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.36 A apart
 NBONDS: found  3636427 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      640 at      0.32000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8475.191       E(kin)=13021.645     temperature=300.946    |
 | Etotal =-21496.835 grad(E)=36.252     E(BOND)=3015.198   E(ANGL)=5208.753   |
 | E(DIHE)=4566.015   E(IMPR)=1471.362   E(VDW )=-5005.178  E(ELEC)=-30752.986 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.21 A apart
 %atoms "E   -17  -DG  -H1  " and "F   -40  -DC  -H42 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -21  -DT  -H2''" and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3635934 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -118 -ARG -HH11" and "A   -345 -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.17 A apart
 %atoms "E   -17  -DG  -H1  " and "F   -40  -DC  -H42 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -21  -DT  -H2''" and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 NBONDS: found  3635169 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 -------------------- step=      650 at      0.32500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8621.736       E(kin)=13026.867     temperature=301.066    |
 | Etotal =-21648.603 grad(E)=36.095     E(BOND)=2860.456   E(ANGL)=5218.849   |
 | E(DIHE)=4559.814   E(IMPR)=1475.383   E(VDW )=-4976.639  E(ELEC)=-30786.465 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -73  -GLU -OE2 " and "A   -75  -ALA -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ1 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.18 A apart
 %atoms "E   -21  -DT  -H2''" and "E   -22  -DG  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3634659 intra-atom interactions
 NBONDS: found       10 nonbonded violations
 %atoms "A   -59  -ASP -OD2 " and "A   -63  -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -73  -GLU -OE2 " and "A   -75  -ALA -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ1 " and "B   -173 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ1 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 NBONDS: found  3633936 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 -------------------- step=      660 at      0.33000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8548.602       E(kin)=13012.357     temperature=300.731    |
 | Etotal =-21560.959 grad(E)=36.090     E(BOND)=3005.246   E(ANGL)=5219.574   |
 | E(DIHE)=4559.697   E(IMPR)=1489.772   E(VDW )=-4951.785  E(ELEC)=-30883.464 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -59  -ASP -OD2 " and "A   -63  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -73  -GLU -OE2 " and "A   -75  -ALA -HN  " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ1 " and "B   -173 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ1 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 NBONDS: found  3633307 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 %atoms "A   -59  -ASP -OD2 " and "A   -63  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -73  -GLU -OE2 " and "A   -75  -ALA -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ1 " and "B   -173 -ASP -OD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ1 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -74  -ASP -OD1 " and "B   -106 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.26 A apart
 NBONDS: found  3632659 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 %atoms "A   -59  -ASP -OD2 " and "A   -63  -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -73  -GLU -OE2 " and "A   -75  -ALA -HN  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ1 " and "B   -173 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ1 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -74  -ASP -OD1 " and "B   -106 -ARG -HH21" only  1.45 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 NBONDS: found  3632005 intra-atom interactions
 NBONDS: found       14 nonbonded violations
 -------------------- step=      670 at      0.33500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8618.113       E(kin)=13167.778     temperature=304.323    |
 | Etotal =-21785.891 grad(E)=35.335     E(BOND)=3123.899   E(ANGL)=4954.113   |
 | E(DIHE)=4560.651   E(IMPR)=1498.375   E(VDW )=-4947.459  E(ELEC)=-30975.470 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -73  -GLU -OE2 " and "A   -75  -ALA -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -112 -LYS -HZ1 " and "B   -173 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ1 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -342 -LYS -HG1 " and "A   -342 -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.35 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.25 A apart
 NBONDS: found  3631236 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 -------------------- step=      680 at      0.34000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8707.799       E(kin)=13076.029     temperature=302.203    |
 | Etotal =-21783.828 grad(E)=35.638     E(BOND)=3197.549   E(ANGL)=4936.684   |
 | E(DIHE)=4560.605   E(IMPR)=1461.686   E(VDW )=-4948.522  E(ELEC)=-30991.830 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HH21" and "A   -109 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "B   -260 -ARG -HH12" and "B   -264 -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.38 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.22 A apart
 NBONDS: found  3630660 intra-atom interactions
 NBONDS: found       13 nonbonded violations
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.37 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 NBONDS: found  3630202 intra-atom interactions
 NBONDS: found        9 nonbonded violations
 -------------------- step=      690 at      0.34500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8727.458       E(kin)=12944.675     temperature=299.167    |
 | Etotal =-21672.133 grad(E)=36.103     E(BOND)=3128.373   E(ANGL)=5046.916   |
 | E(DIHE)=4566.930   E(IMPR)=1486.696   E(VDW )=-4922.241  E(ELEC)=-30978.807 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -118 -ARG -HE  " and "B   -345 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.23 A apart
 NBONDS: found  3629558 intra-atom interactions
 NBONDS: found       11 nonbonded violations
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH12" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -23  -LYS -HB1 " and "B   -23  -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.37 A apart
 %atoms "B   -118 -ARG -HE  " and "B   -345 -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.31 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 NBONDS: found  3628681 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      700 at      0.35000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8691.872       E(kin)=12834.979     temperature=296.632    |
 | Etotal =-21526.851 grad(E)=36.171     E(BOND)=3006.582   E(ANGL)=5305.867   |
 | E(DIHE)=4570.086   E(IMPR)=1556.406   E(VDW )=-4933.252  E(ELEC)=-31032.540 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH12" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -84  -ASP -OD2 " and "B   -168 -LYS -HZ1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -23  -LYS -HB1 " and "B   -23  -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -118 -ARG -HE  " and "B   -345 -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 NBONDS: found  3627989 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH12" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -23  -LYS -HB1 " and "B   -23  -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -118 -ARG -HE  " and "B   -345 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.27 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.07 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 NBONDS: found  3627344 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 -------------------- step=      710 at      0.35500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8710.998       E(kin)=13054.422     temperature=301.703    |
 | Etotal =-21765.420 grad(E)=35.588     E(BOND)=3294.699   E(ANGL)=5013.650   |
 | E(DIHE)=4568.843   E(IMPR)=1401.456   E(VDW )=-4988.735  E(ELEC)=-31055.334 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH12" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -23  -LYS -HB1 " and "B   -23  -LYS -HZ3 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.35 A apart
 %atoms "B   -118 -ARG -HE  " and "B   -345 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.21 A apart
 NBONDS: found  3626975 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HE  " and "B   -341 -GLY -O   " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3626494 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 -------------------- step=      720 at      0.36000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8736.808       E(kin)=13044.745     temperature=301.479    |
 | Etotal =-21781.554 grad(E)=35.454     E(BOND)=3236.889   E(ANGL)=5080.007   |
 | E(DIHE)=4565.985   E(IMPR)=1456.838   E(VDW )=-5017.536  E(ELEC)=-31103.736 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -126 -GLU -HN  " and "A   -126 -GLU -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -O   " and "B   -135 -THR -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HE  " and "B   -341 -GLY -O   " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.11 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3625741 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -126 -GLU -HN  " and "A   -126 -GLU -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -74  -ASP -OD1 " and "B   -106 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -O   " and "B   -135 -THR -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HE  " and "B   -341 -GLY -O   " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3625444 intra-atom interactions
 NBONDS: found       23 nonbonded violations
 %atoms "A   -22  -LYS -HZ3 " and "B   -34  -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HE  " and "B   -341 -GLY -O   " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3624742 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      730 at      0.36500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8817.219       E(kin)=13113.421     temperature=303.067    |
 | Etotal =-21930.640 grad(E)=37.119     E(BOND)=3210.698   E(ANGL)=4951.468   |
 | E(DIHE)=4565.750   E(IMPR)=1531.947   E(VDW )=-5048.605  E(ELEC)=-31141.899 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.39 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HE  " and "B   -341 -GLY -O   " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3623840 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -85  -ASP -OD2 " and "B   -170 -SER -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -170 -SER -O   " and "B   -115 -LYS -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HE  " and "B   -341 -GLY -O   " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.35 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3623248 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=      740 at      0.37000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8876.374       E(kin)=13208.211     temperature=305.257    |
 | Etotal =-22084.585 grad(E)=34.570     E(BOND)=3249.134   E(ANGL)=4951.946   |
 | E(DIHE)=4564.189   E(IMPR)=1391.587   E(VDW )=-5092.900  E(ELEC)=-31148.541 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -108 -ARG -HH22" and "E   -9   -DA  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -285 -TYR -HA  " and "D   -55  -DG  -H21 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.15 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.22 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.08 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3622867 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -212 -GLU -OE2 " and "A   -218 -ARG -HH22" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -133 -LYS -HZ1 " and "B   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.33 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.06 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3622146 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=      750 at      0.37500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8880.968       E(kin)=13045.374     temperature=301.494    |
 | Etotal =-21926.343 grad(E)=36.168     E(BOND)=3143.830   E(ANGL)=5198.409   |
 | E(DIHE)=4558.038   E(IMPR)=1409.917   E(VDW )=-5090.280  E(ELEC)=-31146.256 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.16 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.20 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.33 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.07 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3621715 intra-atom interactions
 NBONDS: found       20 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -42  -THR -O   " and "A   -46  -CYS -HG  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HE  " and "A   -109 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -123 -GLU -HN  " and "A   -123 -GLU -HG2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH21" and "A   -279 -ASP -OD2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -166 -LYS -HZ1 " and "B   -297 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.17 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.19 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.22 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.14 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.08 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3620959 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=      760 at      0.38000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8954.601       E(kin)=12890.685     temperature=297.919    |
 | Etotal =-21845.287 grad(E)=35.816     E(BOND)=3128.875   E(ANGL)=5317.664   |
 | E(DIHE)=4551.012   E(IMPR)=1392.505   E(VDW )=-5032.810  E(ELEC)=-31202.533 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -HA  " and "A   -30  -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.42 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.30 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.09 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.07 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.36 A apart
 NBONDS: found  3620453 intra-atom interactions
 NBONDS: found       23 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -189 -LYS -HZ2 " and "B   -301 -ASP -O   " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -4   -DG  -H2' " and "C   -5   -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.08 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.06 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3619817 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.43 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -189 -LYS -HZ2 " and "B   -301 -ASP -O   " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.19 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.27 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.04 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3619349 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=      770 at      0.38500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-8979.477       E(kin)=13245.332     temperature=306.115    |
 | Etotal =-22224.809 grad(E)=35.162     E(BOND)=3038.403   E(ANGL)=5160.014   |
 | E(DIHE)=4551.708   E(IMPR)=1339.796   E(VDW )=-5034.517  E(ELEC)=-31280.214 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.44 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.29 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.27 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.98 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.20 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3618843 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -42  -THR -HG22" and "E   -22  -DG  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -157 -GLU -OE1 " and "B   -194 -CYS -HG  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.93 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  0.99 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3617911 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      780 at      0.39000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9000.890       E(kin)=13083.740     temperature=302.381    |
 | Etotal =-22084.631 grad(E)=34.954     E(BOND)=3122.605   E(ANGL)=5153.558   |
 | E(DIHE)=4555.647   E(IMPR)=1415.649   E(VDW )=-5012.033  E(ELEC)=-31320.057 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.90 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  0.99 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3617374 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH12" and "A   -130 -GLU -OE1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -335 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.32 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.83 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.15 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.00 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3616661 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      790 at      0.39500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9016.982       E(kin)=13035.013     temperature=301.255    |
 | Etotal =-22051.995 grad(E)=34.942     E(BOND)=3046.122   E(ANGL)=5190.013   |
 | E(DIHE)=4556.179   E(IMPR)=1437.488   E(VDW )=-4923.481  E(ELEC)=-31358.317 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HH12" and "A   -130 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH12" and "A   -279 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -335 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -21  -LEU -HD21" and "B   -22  -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.19 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.83 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "E   -25  -DG  -H2' " and "E   -26  -DT  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.01 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3615714 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -O   " and "A   -33  -VAL -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -132 -ARG -HH12" and "A   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -21  -LEU -HD21" and "B   -22  -LYS -HZ2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.21 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.84 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.25 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.17 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.02 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.31 A apart
 NBONDS: found  3615206 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      800 at      0.40000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9149.619       E(kin)=13023.609     temperature=300.991    |
 | Etotal =-22173.227 grad(E)=35.181     E(BOND)=3179.848   E(ANGL)=4911.729   |
 | E(DIHE)=4554.234   E(IMPR)=1474.476   E(VDW )=-4864.713  E(ELEC)=-31428.801 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -335 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -33  -DG  -OP2 " and "D   -33  -DG  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -5   -DG  -H2' " and "E   -6   -DT  -H73 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.91 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.19 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  0.98 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3614420 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -198 -ASP -OD1 " and "B   -234 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.20 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2' " and "D   -43  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.22 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  0.96 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.18 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.00 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.32 A apart
 NBONDS: found  3613463 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 -------------------- step=      810 at      0.40500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9033.015       E(kin)=12841.890     temperature=296.791    |
 | Etotal =-21874.905 grad(E)=35.549     E(BOND)=3177.281   E(ANGL)=5186.852   |
 | E(DIHE)=4552.933   E(IMPR)=1518.613   E(VDW )=-4808.298  E(ELEC)=-31502.286 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HH11" and "B   -109 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.07 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  0.97 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.33 A apart
 NBONDS: found  3612690 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.28 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.36 A apart
 %atoms "D   -45  -DT  -H2''" and "D   -46  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.12 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.24 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.44 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  0.97 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3612088 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      820 at      0.41000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9007.789       E(kin)=13151.877     temperature=303.955    |
 | Etotal =-22159.666 grad(E)=34.928     E(BOND)=3010.033   E(ANGL)=5186.958   |
 | E(DIHE)=4552.286   E(IMPR)=1453.509   E(VDW )=-4792.977  E(ELEC)=-31569.475 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.23 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.35 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -132 -ARG -HH12" and "B   -279 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.18 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  0.95 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.37 A apart
 NBONDS: found  3611464 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.17 A apart
 %atoms "A   -166 -LYS -HZ1 " and "A   -297 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -198 -ASP -OD1 " and "A   -233 -LYS -HZ1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.34 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.23 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.43 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.00 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.41 A apart
 NBONDS: found  3610828 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      830 at      0.41500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9107.923       E(kin)=13090.389     temperature=302.534    |
 | Etotal =-22198.312 grad(E)=34.967     E(BOND)=3027.491   E(ANGL)=5202.936   |
 | E(DIHE)=4541.549   E(IMPR)=1450.776   E(VDW )=-4816.456  E(ELEC)=-31604.609 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.12 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.36 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.47 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.26 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.45 A apart
 NBONDS: found  3610136 intra-atom interactions
 NBONDS: found       20 nonbonded violations
 %atoms "A   -27  -GLU -OE2 " and "A   -30  -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.34 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.11 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.40 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.46 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -46  -DT  -H2''" and "D   -47  -DG  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.35 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.06 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3609282 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      840 at      0.42000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9096.402       E(kin)=13076.760     temperature=302.219    |
 | Etotal =-22173.162 grad(E)=35.968     E(BOND)=3207.159   E(ANGL)=5084.643   |
 | E(DIHE)=4530.158   E(IMPR)=1458.262   E(VDW )=-4827.033  E(ELEC)=-31626.351 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -108 -ARG -HH11" and "C   -9   -DA  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.07 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -307 -LYS -HG2 " and "A   -307 -LYS -HZ2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -6   -DT  -H1' " and "C   -7   -DG  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.35 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3608524 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -130 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.09 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -101 -GLN -HN  " and "B   -101 -GLN -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "E   -9   -DA  -H2''" and "E   -10  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.06 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3607778 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.10 A apart
 %atoms "A   -250 -ASN -HD22" and "A   -273 -HIS -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -48  -ARG -HE  " and "E   -21  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -260 -ARG -HH12" and "B   -264 -GLU -OE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.33 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.09 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3606974 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      850 at      0.42500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9179.877       E(kin)=13129.914     temperature=303.448    |
 | Etotal =-22309.791 grad(E)=35.643     E(BOND)=3161.469   E(ANGL)=5082.366   |
 | E(DIHE)=4526.842   E(IMPR)=1369.429   E(VDW )=-4779.619  E(ELEC)=-31670.277 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -29  -HIS -HE2 " and "A   -38  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -128 -GLN -HB1 " and "A   -128 -GLN -HE21" only  1.50 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.12 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -308 -LYS -HZ2 " and "A   -312 -GLU -OE1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -332 -ARG -HH11" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -48  -ARG -HE  " and "E   -21  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "B   -260 -ARG -HH12" and "B   -264 -GLU -OE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.46 A apart
 NBONDS: found  3606283 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.15 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -332 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -48  -ARG -HE  " and "E   -21  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.38 A apart
 %atoms "B   -260 -ARG -HH12" and "B   -264 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -10  -DC  -H2''" and "C   -11  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.50 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.34 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "F   -55  -DG  -H8  " and "F   -55  -DG  -H3' " only  1.48 A apart
 NBONDS: found  3605468 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      860 at      0.43000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9331.287       E(kin)=12970.820     temperature=299.771    |
 | Etotal =-22302.107 grad(E)=34.983     E(BOND)=3118.598   E(ANGL)=5112.308   |
 | E(DIHE)=4521.251   E(IMPR)=1455.270   E(VDW )=-4783.672  E(ELEC)=-31725.862 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.18 A apart
 %atoms "A   -208 -LEU -HG  " and "A   -218 -ARG -HH11" only  1.48 A apart
 %atoms "A   -250 -ASN -HD22" and "A   -273 -HIS -HB1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -332 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -48  -ARG -HE  " and "E   -21  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -260 -ARG -HH12" and "B   -264 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -297 -GLU -HN  " and "B   -298 -GLN -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -45  -DT  -H2''" and "F   -46  -DT  -H73 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.11 A apart
 NBONDS: found  3604737 intra-atom interactions
 NBONDS: found       25 nonbonded violations
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.17 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -332 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -48  -ARG -HE  " and "E   -21  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH22" and "B   -346 -SO4 -O4  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -297 -GLU -HN  " and "B   -298 -GLN -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.32 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.14 A apart
 NBONDS: found  3603733 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      870 at      0.43500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9167.887       E(kin)=13030.930     temperature=301.160    |
 | Etotal =-22198.817 grad(E)=35.696     E(BOND)=3021.158   E(ANGL)=5350.560   |
 | E(DIHE)=4510.987   E(IMPR)=1493.902   E(VDW )=-4807.659  E(ELEC)=-31767.765 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.23 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -331 -GLU -OE2 " and "A   -332 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH22" and "B   -346 -SO4 -O4  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.31 A apart
 %atoms "B   -260 -ARG -HH12" and "B   -264 -GLU -OE2 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.31 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.11 A apart
 NBONDS: found  3602819 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.22 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH22" and "B   -346 -SO4 -O4  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -127 -ARG -HD1 " and "B   -127 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.46 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H2' " and "E   -16  -DT  -H73 " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.13 A apart
 NBONDS: found  3602197 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      880 at      0.44000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9335.968       E(kin)=12977.785     temperature=299.932    |
 | Etotal =-22313.754 grad(E)=34.939     E(BOND)=3277.583   E(ANGL)=5142.307   |
 | E(DIHE)=4503.669   E(IMPR)=1350.805   E(VDW )=-4809.515  E(ELEC)=-31778.603 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.26 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH22" and "B   -346 -SO4 -O4  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -90  -LYS -HZ3 " and "B   -94  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.21 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.11 A apart
 NBONDS: found  3601187 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.30 A apart
 %atoms "A   -257 -ARG -HH22" and "A   -261 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH22" and "B   -346 -SO4 -O4  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 NBONDS: found  3600299 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      890 at      0.44500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9278.397       E(kin)=13248.169     temperature=306.181    |
 | Etotal =-22526.566 grad(E)=34.740     E(BOND)=3047.566   E(ANGL)=5113.411   |
 | E(DIHE)=4497.214   E(IMPR)=1416.489   E(VDW )=-4785.903  E(ELEC)=-31815.344 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -34  -GLU -OE2 " and "B   -22  -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -84  -ASP -OD1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.35 A apart
 %atoms "B   -44  -LYS -HZ2 " and "B   -47  -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -31  -DA  -H2' " and "D   -32  -DC  -H6  " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.37 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.13 A apart
 NBONDS: found  3599523 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -34  -GLU -OE2 " and "B   -22  -LYS -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.42 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -71  -ARG -HH12" and "B   -346 -SO4 -O3  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.19 A apart
 NBONDS: found  3598772 intra-atom interactions
 NBONDS: found       20 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 -------------------- step=      900 at      0.45000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9458.869       E(kin)=12828.209     temperature=296.475    |
 | Etotal =-22287.078 grad(E)=36.145     E(BOND)=3273.706   E(ANGL)=5146.837   |
 | E(DIHE)=4486.940   E(IMPR)=1460.398   E(VDW )=-4795.267  E(ELEC)=-31859.692 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -34  -GLU -OE2 " and "B   -22  -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -84  -ASP -OD1 " and "B   -168 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -127 -ARG -HD1 " and "A   -127 -ARG -HH12" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -158 -LYS -HZ2 " and "F   -55  -DG  -H4' " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -320 -GLU -OE1 " and "A   -324 -ARG -HH12" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -257 -ARG -HH21" and "B   -261 -ASP -OD1 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.23 A apart
 NBONDS: found  3597623 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -34  -GLU -OE2 " and "B   -22  -LYS -HZ2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -320 -GLU -OE1 " and "A   -324 -ARG -HH12" only  1.48 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -O   " and "B   -273 -HIS -HN  " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.36 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.29 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.23 A apart
 NBONDS: found  3596684 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      910 at      0.45500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9364.370       E(kin)=13309.185     temperature=307.591    |
 | Etotal =-22673.555 grad(E)=35.060     E(BOND)=3055.173   E(ANGL)=5031.092   |
 | E(DIHE)=4475.482   E(IMPR)=1447.361   E(VDW )=-4788.936  E(ELEC)=-31893.727 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.45 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HE  " and "A   -109 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -52  -ARG -HH12" and "B   -57  -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.36 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 NBONDS: found  3596114 intra-atom interactions
 NBONDS: found       24 nonbonded violations
 %atoms "A   -64  -GLU -OE2 " and "A   -67  -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -12  -ARG -HH12" and "B   -59  -ASP -OD2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.33 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -131 -ARG -HH11" and "B   -272 -PRO -O   " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.40 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -41  -DA  -H5''" and "D   -41  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.33 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 NBONDS: found  3595180 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      920 at      0.46000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9587.647       E(kin)=12977.385     temperature=299.923    |
 | Etotal =-22565.032 grad(E)=34.502     E(BOND)=3088.387   E(ANGL)=5025.768   |
 | E(DIHE)=4477.175   E(IMPR)=1505.436   E(VDW )=-4799.586  E(ELEC)=-31862.212 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -71  -ARG -HH21" and "A   -346 -SO4 -O1  " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.38 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.46 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -335 -LYS -HZ1 " and "B   -345 -GLU -OXT " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.25 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -46  -DT  -H2''" and "F   -47  -DG  -H5''" only  1.49 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.34 A apart
 NBONDS: found  3594355 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.36 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -27  -GLU -OE2 " and "B   -30  -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.29 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.50 A apart
 %atoms "B   -297 -GLU -HN  " and "B   -298 -GLN -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -331 -GLU -OE1 " and "B   -335 -LYS -HZ2 " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.28 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.32 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.36 A apart
 NBONDS: found  3593606 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      930 at      0.46500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9557.972       E(kin)=13033.231     temperature=301.213    |
 | Etotal =-22591.203 grad(E)=36.248     E(BOND)=3268.450   E(ANGL)=4937.656   |
 | E(DIHE)=4468.328   E(IMPR)=1405.686   E(VDW )=-4822.679  E(ELEC)=-31848.644 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -127 -ARG -HH11" and "A   -127 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.42 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ3 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.26 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -O   " and "B   -273 -HIS -HN  " only  1.41 A apart
 %atoms "B   -297 -GLU -HN  " and "B   -298 -GLN -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.39 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.37 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.47 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.47 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.40 A apart
 NBONDS: found  3592920 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.24 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -297 -GLU -HN  " and "B   -298 -GLN -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.35 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.42 A apart
 NBONDS: found  3591897 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 -------------------- step=      940 at      0.47000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9575.531       E(kin)=13326.419     temperature=307.989    |
 | Etotal =-22901.950 grad(E)=34.881     E(BOND)=3007.045   E(ANGL)=4966.688   |
 | E(DIHE)=4459.624   E(IMPR)=1372.444   E(VDW )=-4860.836  E(ELEC)=-31846.916 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -130 -GLU -HN  " and "A   -130 -GLU -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -260 -ARG -HH12" and "A   -264 -GLU -OE2 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.43 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.25 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.42 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.44 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.33 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.26 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.36 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3591127 intra-atom interactions
 NBONDS: found       21 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -328 -LYS -HZ3 " and "A   -331 -GLU -OE1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.26 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.39 A apart
 %atoms "B   -110 -MET -HB1 " and "B   -111 -GLY -HN  " only  1.49 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -271 -LEU -O   " and "B   -273 -HIS -HN  " only  1.39 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.30 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.37 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3590308 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 -------------------- step=      950 at      0.47500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9713.866       E(kin)=12884.847     temperature=297.784    |
 | Etotal =-22598.712 grad(E)=35.301     E(BOND)=3196.972   E(ANGL)=5028.457   |
 | E(DIHE)=4457.684   E(IMPR)=1435.463   E(VDW )=-4882.415  E(ELEC)=-31834.874 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -89  -GLN -HG1 " and "B   -171 -TYR -HH  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HA  " and "A   -106 -ARG -HE  " only  1.43 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.23 A apart
 %atoms "B   -106 -ARG -HD2 " and "B   -106 -ARG -HH11" only  1.30 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.31 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.50 A apart
 %atoms "D   -49  -DA  -H2''" and "D   -50  -DC  -H5' " only  1.50 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.24 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.39 A apart
 NBONDS: found  3589865 intra-atom interactions
 NBONDS: found       22 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -133 -LYS -HZ3 " and "A   -340 -ASP -OD1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.25 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.45 A apart
 %atoms "B   -202 -VAL -O   " and "B   -233 -LYS -HZ2 " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.47 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.45 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.41 A apart
 %atoms "D   -49  -DA  -H2''" and "D   -50  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.38 A apart
 NBONDS: found  3589098 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.27 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.46 A apart
 %atoms "B   -340 -ASP -HB2 " and "B   -342 -LYS -HZ3 " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.28 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.37 A apart
 %atoms "D   -49  -DA  -H2''" and "D   -50  -DC  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.40 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.43 A apart
 NBONDS: found  3588361 intra-atom interactions
 NBONDS: found       19 nonbonded violations
 -------------------- step=      960 at      0.48000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9584.136       E(kin)=12922.289     temperature=298.649    |
 | Etotal =-22506.425 grad(E)=35.434     E(BOND)=3165.355   E(ANGL)=5204.459   |
 | E(DIHE)=4463.774   E(IMPR)=1364.300   E(VDW )=-4926.407  E(ELEC)=-31777.907 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -90  -LYS -HZ1 " and "A   -94  -GLU -OE2 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.26 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.30 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.37 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.44 A apart
 NBONDS: found  3587926 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.45 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.24 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.27 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.12 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.35 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3587247 intra-atom interactions
 NBONDS: found       15 nonbonded violations
 -------------------- step=      970 at      0.48500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9579.474       E(kin)=12811.428     temperature=296.087    |
 | Etotal =-22390.902 grad(E)=35.519     E(BOND)=3154.308   E(ANGL)=5171.191   |
 | E(DIHE)=4477.331   E(IMPR)=1483.755   E(VDW )=-4924.498  E(ELEC)=-31752.989 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.37 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.49 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.45 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.28 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.48 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.22 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.23 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.05 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.34 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -39  -DT  -H2''" and "F   -40  -DC  -H5' " only  1.48 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.39 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.31 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.47 A apart
 NBONDS: found  3586621 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -89  -GLN -HE22" and "C   -8   -DT  -H3' " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.35 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.28 A apart
 %atoms "B   -113 -ILE -HN  " and "B   -113 -ILE -HG12" only  1.48 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -22  -DG  -H2' " and "C   -23  -DT  -H71 " only  1.50 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.20 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.03 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.31 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.49 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -39  -DT  -H2''" and "F   -40  -DC  -H5' " only  1.44 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.28 A apart
 %atoms "F   -54  -DT  -H2''" and "F   -55  -DG  -H5''" only  1.49 A apart
 NBONDS: found  3585731 intra-atom interactions
 NBONDS: found       18 nonbonded violations
 -------------------- step=      980 at      0.49000 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9605.178       E(kin)=12980.847     temperature=300.003    |
 | Etotal =-22586.025 grad(E)=35.309     E(BOND)=3004.747   E(ANGL)=5177.884   |
 | E(DIHE)=4485.316   E(IMPR)=1429.494   E(VDW )=-4924.747  E(ELEC)=-31758.719 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -89  -GLN -HE22" and "C   -8   -DT  -H3' " only  1.47 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.41 A apart
 %atoms "A   -151 -ARG -HN  " and "A   -151 -ARG -HG1 " only  1.50 A apart
 %atoms "A   -332 -ARG -HH12" and "A   -345 -GLU -OE2 " only  1.47 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.31 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.50 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.18 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.01 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.33 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.46 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.42 A apart
 %atoms "F   -39  -DT  -H2''" and "F   -40  -DC  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.30 A apart
 NBONDS: found  3585119 intra-atom interactions
 NBONDS: found       17 nonbonded violations
 %atoms "A   -89  -GLN -HE22" and "C   -8   -DT  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "A   -106 -ARG -HD2 " and "A   -106 -ARG -HH11" only  1.40 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.44 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.34 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.24 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.15 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.04 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.32 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.45 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -39  -DT  -H2''" and "F   -40  -DC  -H5' " only  1.34 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.43 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.31 A apart
 NBONDS: found  3584524 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 -------------------- step=      990 at      0.49500 ps ------------------------
 | E(kin)+E(total)=-9531.839       E(kin)=12927.429     temperature=298.768    |
 | Etotal =-22459.268 grad(E)=35.074     E(BOND)=3231.448   E(ANGL)=5050.628   |
 | E(DIHE)=4481.397   E(IMPR)=1477.669   E(VDW )=-4932.891  E(ELEC)=-31767.519 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 %atoms "A   -89  -GLN -HE22" and "C   -8   -DT  -H3' " only  1.46 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.36 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.49 A apart
 %atoms "B   -243 -ARG -HH21" and "B   -268 -TRP -O   " only  1.50 A apart
 %atoms "B   -304 -GLU -OE2 " and "B   -307 -LYS -HZ2 " only  1.46 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.38 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.41 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.23 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.13 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.04 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.31 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -39  -DT  -H2''" and "F   -40  -DC  -H5' " only  1.29 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.46 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.33 A apart
 NBONDS: found  3583322 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 %atoms "A   -89  -GLN -HE22" and "C   -8   -DT  -H3' " only  1.48 A apart
 %atoms "A   -125 -ASN -HB1 " and "A   -126 -GLU -HN  " only  1.48 A apart
 %atoms "B   -89  -GLN -HE21" and "E   -8   -DT  -H3' " only  1.38 A apart
 %atoms "B   -206 -GLU -OE2 " and "B   -218 -ARG -HH21" only  1.47 A apart
 %atoms "B   -304 -GLU -OE2 " and "B   -307 -LYS -HZ2 " only  1.43 A apart
 %atoms "C   -13  -DG  -H2''" and "C   -14  -DT  -H5' " only  1.40 A apart
 %atoms "C   -19  -DA  -H2''" and "C   -20  -DA  -H8  " only  1.44 A apart
 %atoms "C   -23  -DT  -H2''" and "C   -24  -DC  -H5' " only  1.25 A apart
 %atoms "D   -42  -DT  -H2''" and "D   -43  -DA  -H5''" only  1.10 A apart
 %atoms "D   -54  -DT  -H2''" and "D   -55  -DG  -H5''" only  1.08 A apart
 %atoms "E   -13  -DG  -H2' " and "E   -14  -DT  -H71 " only  1.28 A apart
 %atoms "E   -15  -DA  -H5''" and "E   -15  -DA  -H8  " only  1.42 A apart
 %atoms "E   -20  -DA  -H2' " and "E   -21  -DT  -H72 " only  1.45 A apart
 %atoms "F   -39  -DT  -H2''" and "F   -40  -DC  -H5' " only  1.27 A apart
 %atoms "F   -42  -DT  -H2''" and "F   -43  -DA  -H5' " only  1.49 A apart
 %atoms "F   -44  -DC  -H2' " and "F   -45  -DT  -H72 " only  1.33 A apart
 NBONDS: found  3582729 intra-atom interactions
 NBONDS: found       16 nonbonded violations
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ROTSTP: CM translation and rotation removed.
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
 ----------------- final step=     1000 at      0.50000 ps ---------------------
 | E(kin)+E(total)=-9661.472       E(kin)=13066.830     temperature=301.990    |
 | Etotal =-22728.301 grad(E)=34.932     E(BOND)=3170.204   E(ANGL)=4939.768   |
 | E(DIHE)=4481.979   E(IMPR)=1360.849   E(VDW )=-4928.530  E(ELEC)=-31752.571 |
 -------------------------------------------------------------------------------
 CENMAS: Information about center of free masses
         position [A]          :     29.45350    -10.87427     -3.67022
         velocity [A/ps]       :      0.00000      0.00000      0.00000
         ang. mom. [amu A/ps]  :      0.00000      0.00000      0.00000
         kin. ener. [Kcal/mol] :      0.00000
REMARK line 614, time_step = 0.0005
REMARK line 617, time_step = 0.0005
 %CNSsolve> error encountered: File model_anneal_3HOS_1_traj.crd  was not open.
   (CNS is in mode: SET ABORT=NORMal END)
 REMARKS FILENAME="model_anneal_3HOS_1_traj.crd"
 REMARKS file toppar/ion.param
 REMARKS nonbonded parameters for common ions
 REMARKS new parameters derived from literature for single atom species
 REMARKS PDA 02/09/99
 REMARKS DATE:16-May-2012  12:05:12       created by user: jeanne
 REMARKS VERSION:1.3
 READC: reading file=   1   ISTART=     100
 READC:    14516 atoms were "free"
 READC: NUNIt=   1
 READC: BEGIn=     100  SKIP=     100  STOP=    1000
 READC: TIMEstep=  0.00050000 ps    header= CORD
 READ-TRAJectory: frame #      100 has been copied to the main coordinate set.
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_1.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 1, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      200 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_2.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 2, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      300 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_3.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 3, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      400 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_4.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 4, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      500 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_5.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 5, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      600 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_6.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 6, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      700 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_7.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 7, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      800 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_8.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 8, traj_freq = 100
 READCP: trajectory number      900 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_9.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 9, traj_freq = 100
 READC: complete.       10 coordinate sets were passed to calling routine
 READCP: trajectory number     1000 has been copied to the main coordinate set
REMARK traj_coorfile = model_anneal_3HOS_10.pdb
REMARK line 636, steps = 1000, time step= 0.0005 ps
REMARK nstruc = 10, traj_freq = 100
 %PARRDR-info: duplication of bond HC   NC2
 %PARRDR-info: duplication of bond OUF  SUF
 %PARRDR-info: duplication of angle CH2P CH2E HA 
 %PARRDR-info: duplication of angle OUF  SUF  OUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry H  
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HA 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry HC 
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry SUF
 %PARRDR-info: duplication of nonbonded entry OUF
 (atom-i        |atom-j        )    dist.   equil.   delta    energy   const.

 Number of violations greater   20.000:     0
 RMS deviation=   0.014
 (atom-i        |atom-j        |atom-k        )  angle    equil.     delta    energy  const.

 Number of violations greater   50.000:     0
 RMS deviation=   1.085
          ============================================================
           Maximum dynamic memory allocation:    44667104 bytes
           Maximum dynamic memory overhead:          5136 bytes
           Program started at: 12:04:51 on 16-May-2012
           Program stopped at: 12:07:35 on 16-May-2012
           CPU time used:     164.6075 seconds
          ============================================================

I thank you very much for your help.
Jeanne

Reply | Messages in this Topic (6)
#2171 From: Jeanne Cambefort <jeannecambefort@...>
Date: Thu May 17, 2012 9:10 pm
Subject: Re : Atoms distance in a molecular dynamics 		jeannecambefort
Send Email Send Email
 
>From which you can see that the snapshots were saved in files named
> model_anneal_3HOS_X.pdb where X=1-10. Check your output folder.

Well all the snapshots seem to be created at the same time, and they seem
to be very similar. But they are created. I did not see this error.
> %CNSsolve> error encountered: File model_anneal_3HOS_1_traj.crd was
> not open.
> (CNS is in mode: SET ABORT=NORMal END)

> Maybe you are trying to write into a read-only folder?
Of course not. Is it the parameter files or the molecule file?
I'm not in the lab, I cannot run CNSsolve until Monday, I'm sorry.
I thank you.
Jeanne



Reply | Messages in this Topic (6)
#2172 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Fri May 18, 2012 2:54 am
Subject: Re: Re : Atoms distance in a molecular dynamics 		pozharski
Send Email Send Email
  
On Thu, 2012-05-17 at 22:10 +0100, Jeanne Cambefort wrote:
> Well all the snapshots seem to be created at the same time, and they
> seem to be very similar. But they are created.

That's OK - snapshots are indeed created at the end of each trial, all
at the same time.

As for the snapshots being very similar - they are only separated by
50fs - how different you expect them to be?

Reply | Messages in this Topic (6)
#2173 From: "pingyangliu" <pingyangliu@...>
Date: Wed May 23, 2012 7:43 pm
Subject: How to add the topology definition of LLP in a protein 		pingyangliu
Send Email Send Email
  
Hi

I try to create a generate file from a protein pdb file, but the program stopped
because the residue LLP not found in topology files.

Now I have the LLP.cif, but I do not know how to continue.

How to add the topology definition of a LLP in a protein to protein.top?

Do I need to add anything to protein.link or protein.param as well?

Thank you very much.

Best,
Andy

Reply | Messages in this Topic (2)
#2174 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Wed May 23, 2012 9:37 pm
Subject: Re: How to add the topology definition of LLP in a protein 		pozharski
Send Email Send Email
  
You don't need to add anything to protein.top etc.  Just add your .top
and .param files for the ligand to the list at the top of generate.inp

On Wed, 2012-05-23 at 19:43 +0000, pingyangliu wrote:
>
> Hi
>
> I try to create a generate file from a protein pdb file, but the
> program stopped because the residue LLP not found in topology files.
>
> Now I have the LLP.cif, but I do not know how to continue.
>
> How to add the topology definition of a LLP in a protein to
> protein.top?
>
> Do I need to add anything to protein.link or protein.param as well?
>
> Thank you very much.
>
> Best,
> Andy
>
>
>
>
>

--
"Hurry up before we all come back to our senses!"
                            Julian, King of Lemurs

Reply | Messages in this Topic (2)
#2175 From: "gcpvanzundert" <gcpvanzundert@...>
Date: Wed May 30, 2012 3:59 pm
Subject: Fourier Transform in CNS 		gcpvanzundert
Send Email Send Email
  
Hi,

I was wandering how the Fourier transform function is defined in CNS.
When 'ft' is used, is it a normal fast-fourier-transform call or is there more
to it?

Also is the bfactor-parameter for anti-aliasing automatically used with the
ft-fucntion?
I am interested in this mainly for structure factor and electron density
calculations.

Cheers,
Gydo

Reply | Messages in this Topic (2)
#2176 From: Axel Brunger <brunger@...>
Date: Wed May 30, 2012 4:41 pm
Subject: Re: Fourier Transform in CNS 		brunger@...
Send Email Send Email
 
Please read my paper in Acta Cryst A which describes the method implemented
in both X-PLOR and CNS.

A. T. Brunger, A memory-efficient fast Fourier transformation algorithm for crystallographic refinement on supercomputers, Acta Cryst. A 45, 42-50 (1989).


On May 30, 2012, at 8:59 AM, gcpvanzundert wrote:

 

Hi,

I was wandering how the Fourier transform function is defined in CNS.
When 'ft' is used, is it a normal fast-fourier-transform call or is there more to it?

Also is the bfactor-parameter for anti-aliasing automatically used with the ft-fucntion?
I am interested in this mainly for structure factor and electron density calculations.

Cheers,
Gydo



Reply | Messages in this Topic (2)
#2177 From: Gerard DVD Kleywegt <gerard@...>
Date: Thu May 31, 2012 4:52 pm
Subject: Quite interesting Lord of the RING 		gerard@...
Send Email Send Email
  
Hi all,

E3 ubiquitin ligase is responsible for flagging proteins for degradation by
transferring ubiquitin from a donor protein onto the molecule to be degraded.
It is activated by phosphorylation of a tyrosine which promotes a huge
conformational change, swinging its RING domain 180 degrees to put the
enzyme's two substrates in proximity.

Read more about this enzyme and see the conformational changes happen before
your very own eyes in this latest installment of Quips (QUite Interesting Pdb
Structures; pdbe.org/quips) at:

     http://pdbe.org/quips?story=LordCBL

If you have an interesting structure whose story you would like to tell (with
our help) in the form of a Quips article, please contact us at pdbe@...

--Gerard

---
Gerard J. Kleywegt, PDBe, EMBL-EBI, Hinxton, UK
gerard@... ..................... pdbe.org
Secretary: Pauline Haslam  pdbe_admin@...

Reply | Messages in this Topic (1)
#2179 From: "lowie.li" <lowie.li@...>
Date: Fri Jun 8, 2012 10:37 am
Subject: A standard way to install CNS in linux (Ubuntun) without mistake 		lowie.li
Send Email Send Email
  
Dear all:

       After spending the whole night and solving all compiling mistakes (like
failure of gfortran,g77,pgf95 et al), i just figure out how to install CNS 1.3
successfully in Linux (Ubuntun 10.04). In order to help others in future, I
detail the installation steps as follows:

     step 1. download "cns_solve_1.3_all_intel-mac_linux.tar.gz" from the
official website, and unzip it into your local directory.

     step 2. Install ifort.
         visit Intel website:
http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/  and
download: "Intel® Fortran Composer XE 2011 for Linux" and "Intel® C++ Composer
XE 2011 for Linux" (always find the latest version). Unzip the file, install
both by "sudo ./install.sh" (remember to change your path to the unzipped
location first).

     step 3: install CNS
        change your path to the unzipped CNS directory, open tcsh by typying
"tcsh" in terminal, add the location of ifort into your tcsh by the following
command line (note that composer_xe_2011_sp1.10.319 can be slightly different
according to different version):

         source
/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars_global.csh intel64

         Then, just type: "make install"  in terminal.
         And, "source cns_solve_env" after changing the directory inside the
"cns_solve_env"



Guangdi Li
Medical school,K.U.Leuven

Reply | Messages in this Topic (3)
#2180 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Fri Jun 8, 2012 1:27 pm
Subject: Re: A standard way to install CNS in linux (Ubuntun) without mistake 		pozharski
Send Email Send Email
  
Notice that this use of the Intel Fortran compiler explicitly violates
the conditions of the license it comes with.  It's for non-commercial
software development, which is not what you do when you compile CNS.
Maybe one can get around it legally by changing a line or two in the CNS
source, but the agreement clearly states that "academic use of the
products does not qualify".

Secondly, it's unclear why would one need to do this when pre-compiled
binaries work fine on Ubuntu.

On Fri, 2012-06-08 at 01:35 +0000, lowie.li wrote:
>
> Dear all:
>
> After spending the whole night and solving all compiling mistakes
> (like failure of gfortran,g77,pgf95 et al), i just figure out how to
> install CNS 1.3 successfully in Linux (Ubuntun 10.04). In order to
> help others in future, I detail the installation steps as follows:
>
> step 1. download "cns_solve_1.3_all_intel-mac_linux.tar.gz" from the
> official website, and unzip it into your local directory.
>
> step 2. Install ifort.
> visit Intel website:
> http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/ and
download: "Intel® Fortran Composer XE 2011 for Linux" (always find the latest
version). Unzip the file, install ifort by "sudo ./install.sh" (remember to
change your path to the unzipped location first).
>
> step 3: install CNS
> change your path to the unzipped CNS directory, open tcsh by typying
> "tcsh" in terminal, add the location of ifort into your tcsh by the
> following command line (note that composer_xe_2011_sp1.10.319 can be
> slightly different according to different version):
>
> source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars_global.csh
intel64
>
> Then, just type: "make install" in terminal.
> And, "source cns_solve_env" after changing the directory inside the
> "cns_solve_env"
>
>
>
>
>

--
Edwin Pozharski, PhD, Assistant Professor
University of Maryland, Baltimore
----------------------------------------------
When the Way is forgotten duty and justice appear;
Then knowledge and wisdom are born along with hypocrisy.
When harmonious relationships dissolve then respect and devotion arise;
When a nation falls to chaos then loyalty and patriotism are born.
------------------------------   / Lao Tse /

Reply | Messages in this Topic (3)
#2181 From: Krisztina Feher <feher_krisztina@...>
Date: Sun Jun 10, 2012 3:51 pm
Subject: Re: A standard way to install CNS in linux (Ubuntun) without mistake 		feher_krisztina
Send Email Send Email
 
Dear Ed,

the precompiled CNS binaries does not work for NMR, because CNS needs to be compiled with modified source code for using it with ARIA and HADDOCK. This seems to be causing a lot of problem for people who work on Ubuntu and try to compile using gfortran. What seems to solve the problem is described in this post:

http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2127

"Modify the  machvar.f like this (line numbers on the left). The file should in the source folder

    65        ONEP = DPTRUNC(ONE) + DPTRUNC(FPEPS)
    66        ONEM = DPTRUNC(ONE) - DPTRUNC(FPEPS)
*******        WRITE (6,'(I6,E10.3,E10.3)') I, ONEP, ONEM
    67        IF (ONE .EQ. ONEP .OR. ONE .EQ. ONEM) THEN
    68          I = I - 1
"
I do not understand how this solves the problem, but students in our lab are using cns complied like this for NMR structure calculations. Another possibility is compilation with g77 installed from old hardy repositories. Since almost every month there is question about compilation, maybe the best would be to include a note about the Ubuntu compilation into the CNS FAQ.

Krisztina


-----------------------------------------------
Krisztina Feher, PhD
Ghent University, Ghent, Belgium


--- On Fri, 6/8/12, Ed Pozharski <epozh001@...> wrote:

From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Subject: Re: [cnsbb] A standard way to install CNS in linux (Ubuntun) without mistake
To: "lowie.li" <lowie.li@...>
Cc: cnsbb@yahoogroups.com
Date: Friday, June 8, 2012, 3:27 PM

 

Notice that this use of the Intel Fortran compiler explicitly violates
the conditions of the license it comes with. It's for non-commercial
software development, which is not what you do when you compile CNS.
Maybe one can get around it legally by changing a line or two in the CNS
source, but the agreement clearly states that "academic use of the
products does not qualify".

Secondly, it's unclear why would one need to do this when pre-compiled
binaries work fine on Ubuntu.

On Fri, 2012-06-08 at 01:35 +0000, lowie.li wrote:
>
> Dear all:
>
> After spending the whole night and solving all compiling mistakes
> (like failure of gfortran,g77,pgf95 et al), i just figure out how to
> install CNS 1.3 successfully in Linux (Ubuntun 10.04). In order to
> help others in future, I detail the installation steps as follows:
>
> step 1. download "cns_solve_1.3_all_intel-mac_linux.tar.gz" from the
> official website, and unzip it into your local directory.
>
> step 2. Install ifort.
> visit Intel website:
> http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/ and download: "Intel® Fortran Composer XE 2011 for Linux" (always find the latest version). Unzip the file, install ifort by "sudo ./install.sh" (remember to change your path to the unzipped location first).
>
> step 3: install CNS
> change your path to the unzipped CNS directory, open tcsh by typying
> "tcsh" in terminal, add the location of ifort into your tcsh by the
> following command line (note that composer_xe_2011_sp1.10.319 can be
> slightly different according to different version):
>
> source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars_global.csh intel64
>
> Then, just type: "make install" in terminal.
> And, "source cns_solve_env" after changing the directory inside the
> "cns_solve_env"
>
>
>
>
>

--
Edwin Pozharski, PhD, Assistant Professor
University of Maryland, Baltimore
----------------------------------------------
When the Way is forgotten duty and justice appear;
Then knowledge and wisdom are born along with hypocrisy.
When harmonious relationships dissolve then respect and devotion arise;
When a nation falls to chaos then loyalty and patriotism are born.
------------------------------ / Lao Tse /


Reply | Messages in this Topic (3)
#2182 From: "bobbyd67@..." <bobbyd67@...>
Date: Thu Jun 14, 2012 6:05 pm
Subject: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		bobbyd67...
Send Email Send Email
  
Hi All,

I am trying to install CNS 1.3 on Intel machine running Fedora 16 linux.

I downloaded cns_solve_1.3.all.tar.gz into my /usr/local/bin, gzipped and
expanded, modified the cns_solve_env as appropriate, and sourced it.

No problems or error messages until I try to ‘make install’

I get the following output:

[rdutnall@DCBWBNB1 cns_solve_1.3]# make install
Installation directory: /usr/local/bin/cns_solve_1.3/intel-i686-linux
copying files in instlib directory linux to intel-i686-linux
0read.me
arch_env
machine_c.c
machine_f.f
Makefile.header.1.ifort
Makefile.header.2.gfortran
Makefile.header.3.pgf95
Makefile.header.4.ifort_mp
Makefile.header.5.gfortran_mp
Using Makefile template for compiler: gfortran
removing old source files
linking source files to intel-i686-linux/source
removing old object files
linking machine_f.f to source directory
linking machine_c.c to source directory
linking generic fft file to source directory
removing link for machvar.inc~
making Makefile in source directory
testing Fortran and C compilers
compiling: gcc -O -DCNS_ARCH_TYPE_LINUX
C compiler passes test
compiling: gfortran -w -O3  -funroll-loops -ffast-math
linking: gfortran -w
Fortran compiler passes test
making utility programs
make relink
make default
gfortran -o PSmapx -w -O PSmapx.f
gfortran -o PSmapy -w -O PSmapy.f
gfortran -o PSmapz -w -O PSmapz.f
gcc -o to_cns -O to_cns.c -lm
g++ -o cluster_struc -O cluster_struc.cpp -lm
lex refloat.l
gcc -O -o refloat lex.yy.c -lm -lfl
/usr/bin/ld: cannot find -lfl
collect2: ld returned 1 exit status
make[4]: *** [refloat] Error 1
make[3]: *** [utils] Error 2
make[2]: *** [compile-utils] Error 2
make[1]: *** [utils] Error 2

flags:
fortran -> [gfortran] -w -O3  -funroll-loops -ffast-math
        c -> [gcc] -O -DCNS_ARCH_TYPE_LINUX
     link -> [gfortran] -w

compiling: angledb.f
compiling: aria.f
compiling: ariass.f
...(edited)
compiling: xtarget.f
compiling: xutil.f
compiling: xyzparse.f

compiling: dmemory.c

compiling: machine_c.c

linking: cns_solve

created executable file cns_solve-1206140958.exe

removing out-of-date executable file cns_solve-1206140952.exe

When I try to run cns_solve I get the following:

%SETFPEPS increase value of MXFPEPS2 and recompile
%SETFPEPS error encountered: Could not determine machine epsilon
    (CNS is in mode: SET ABORT=NORMal END)
WARNING: program encountered a fatal error.
     However, in interactive mode, program execution
     will continue.  Proceed at your own risk.
Program will stop immediately.
           ============================================================
            Maximum dynamic memory allocation:           0 bytes
            Maximum dynamic memory overhead:             0 bytes
            Program started at:  on
            Program stopped at: 10:01:35 on 14-Jun-2012
            CPU time used:       0.0180 seconds
           ============================================================

I’ve tried increasing MXFPEPS2 in machvar.inc as the message suggests (2048,
4096, 8192, 16384) but the same error occurs.

I’m wondering if it is something flagged in the make install output where it
says:
/usr/bin/ld: cannot find -lfl
collect2: ld returned 1 exit status
make[4]: *** [refloat] Error 1
make[3]: *** [utils] Error 2
make[2]: *** [compile-utils] Error 2
make[1]: *** [utils] Error 2

Any suggestions?

Bob Dutnall

Reply | Messages in this Topic (7)
#2183 From: Michael Strickler <michael.strickler@...>
Date: Thu Jun 14, 2012 6:58 pm
Subject: Re: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		michael.strickler@...
Send Email Send Email
  
It looks like you're missing the library file libfl.a.  This is provided
by flex (or possibly flex-devel), which should be available as a Fedora
package.

> I’m wondering if it is something flagged in the make install output
> where it says:
> /usr/bin/ld: cannot find -lfl
> collect2: ld returned 1 exit status
> make[4]: *** [refloat] Error 1
> make[3]: *** [utils] Error 2
> make[2]: *** [compile-utils] Error 2
> make[1]: *** [utils] Error 2

--
Michael Strickler, Ph.D.
Research Specialist
Richards Center for Structural Biology
Yale University
260 Whitney Ave, 355C JWG
PO Box 208114
New Haven, CT 06520-8114

Reply | Messages in this Topic (7)
#2184 From: Aaron Greenwood <agreenwo@...>
Date: Sat Jun 16, 2012 3:08 am
Subject: Re: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		agreenwo@...
Send Email Send Email
 

I get the same result when I compile CNS 1.3 using fedora 17.   Given the exact same source code compiles and works on lower versions of Fedora, indicates the problem is very likely with Fedora versions 16&17 and not with the source code.  I would use the binaries but we need to increase certain parameters, which means recompiling.

I am not so sure Fedora is the right distribution to use anymore, with its constant upgrades.  Fedora is basically upstream development for Red Hat, so instabilities and inconsistencies can be expected.  

Anyone use CENTOS or other RHEL derivatives?  If so what is your experience with them?  Anyone have another distribution they would recommend for crystallographic research?

If I find a solution to this issue I will post it.   Of course if someone else has a solution I would gladly appreciate it.

Aaron Greenwood



On 6/14/2012 12:05 PM, bobbyd67@... wrote:
 

Hi All,

I am trying to install CNS 1.3 on Intel machine running Fedora 16 linux.

I downloaded cns_solve_1.3.all.tar.gz into my /usr/local/bin, gzipped and expanded, modified the cns_solve_env as appropriate, and sourced it.

No problems or error messages until I try to ‘make install’

I get the following output:

[rdutnall@DCBWBNB1 cns_solve_1.3]# make install
Installation directory: /usr/local/bin/cns_solve_1.3/intel-i686-linux
copying files in instlib directory linux to intel-i686-linux
0read.me
arch_env
machine_c.c
machine_f.f
Makefile.header.1.ifort
Makefile.header.2.gfortran
Makefile.header.3.pgf95
Makefile.header.4.ifort_mp
Makefile.header.5.gfortran_mp
Using Makefile template for compiler: gfortran
removing old source files
linking source files to intel-i686-linux/source
removing old object files
linking machine_f.f to source directory
linking machine_c.c to source directory
linking generic fft file to source directory
removing link for machvar.inc~
making Makefile in source directory
testing Fortran and C compilers
compiling: gcc -O -DCNS_ARCH_TYPE_LINUX
C compiler passes test
compiling: gfortran -w -O3 -funroll-loops -ffast-math
linking: gfortran -w
Fortran compiler passes test
making utility programs
make relink
make default
gfortran -o PSmapx -w -O PSmapx.f
gfortran -o PSmapy -w -O PSmapy.f
gfortran -o PSmapz -w -O PSmapz.f
gcc -o to_cns -O to_cns.c -lm
g++ -o cluster_struc -O cluster_struc.cpp -lm
lex refloat.l
gcc -O -o refloat lex.yy.c -lm -lfl
/usr/bin/ld: cannot find -lfl
collect2: ld returned 1 exit status
make[4]: *** [refloat] Error 1
make[3]: *** [utils] Error 2
make[2]: *** [compile-utils] Error 2
make[1]: *** [utils] Error 2

flags:
fortran -> [gfortran] -w -O3 -funroll-loops -ffast-math
c -> [gcc] -O -DCNS_ARCH_TYPE_LINUX
link -> [gfortran] -w

compiling: angledb.f
compiling: aria.f
compiling: ariass.f
...(edited)
compiling: xtarget.f
compiling: xutil.f
compiling: xyzparse.f

compiling: dmemory.c

compiling: machine_c.c

linking: cns_solve

created executable file cns_solve-1206140958.exe

removing out-of-date executable file cns_solve-1206140952.exe

When I try to run cns_solve I get the following:

%SETFPEPS increase value of MXFPEPS2 and recompile
%SETFPEPS error encountered: Could not determine machine epsilon
(CNS is in mode: SET ABORT=NORMal END)
WARNING: program encountered a fatal error.
However, in interactive mode, program execution
will continue. Proceed at your own risk.
Program will stop immediately.
============================================================
Maximum dynamic memory allocation: 0 bytes
Maximum dynamic memory overhead: 0 bytes
Program started at: on
Program stopped at: 10:01:35 on 14-Jun-2012
CPU time used: 0.0180 seconds
============================================================

I’ve tried increasing MXFPEPS2 in machvar.inc as the message suggests (2048, 4096, 8192, 16384) but the same error occurs.

I’m wondering if it is something flagged in the make install output where it says:
/usr/bin/ld: cannot find -lfl
collect2: ld returned 1 exit status
make[4]: *** [refloat] Error 1
make[3]: *** [utils] Error 2
make[2]: *** [compile-utils] Error 2
make[1]: *** [utils] Error 2

Any suggestions?

Bob Dutnall




Reply | Messages in this Topic (7)
#2185 From: Ed Pozharski <epozh001@...>
Date: Mon Jun 18, 2012 2:23 pm
Subject: Re: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		pozharski
Send Email Send Email
  
On Fri, 2012-06-15 at 21:08 -0600, Aaron Greenwood wrote:
> If I find a solution to this issue I will post it.

This has come up few times in the past
http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2124
and I am under impression that it is some 32-vs-64-bit issue.

--
After much deep and profound brain things inside my head,
I have decided to thank you for bringing peace to our home.
                                     Julian, King of Lemurs

Reply | Messages in this Topic (7)
#2186 From: "dbuyst_ugent" <depsychopaatmetdesnoeischaar@...>
Date: Tue Jun 19, 2012 2:21 pm
Subject: Compiling CNS 1.2 on Mac OS X 10.7 (Lion) 		dbuyst_ugent
Send Email Send Email
  
Hello,

Currently I'm running a new Macbook pro with Mac OS X 10.7 (Lion) and I'm
currently experiencing some problems with the compilation of CNS for use with
Aria2.3.

First of all, I downloaded the Source installer: cns_solve_1.2_all.tar.gz as
well as the one for CNS 1.3 in order to swap the get_arch bin files which is
advised to set the right architecture. Even though I did this, the compilation
keeps saying "unkown architecture" but makes a directory "mac-intel-darwin"
anyway.

Next, I followed the methode described in message #2113 to compile it, but
nevertheless it keeps on searching for the ifort-compiler instead of gfortran.
Having installed the ifort-comiler, the compilation proceeds but produces 2
errors in the beginning and 1 at the end of the proces but it seems to end
succesfully.

But then when I try to launch the cns_solve module (after sourcing etc.) I get
the following error message:

[vocdibu:~/Documents/cns_solve_1.2] Dieter% source cns_solve_env
[vocdibu:~/Documents/cns_solve_1.2] Dieter% cns (an alias I set in the .profile
file which refers to cns_solve)

%CALLHP error encountered: out of INTEGER range
(CNS is in mode: SET ABORT=NORMal END)
*****************************************************
ABORT mode will terminate program execution.
*****************************************************
Program will stop immediately.
============================================================
Maximum dynamic memory allocation: 4880 bytes
Maximum dynamic memory overhead: 91 bytes
Program started at: on
Program stopped at: 14:29:37 on 19-Jun-2012
CPU time used: 0.0036 seconds
============================================================
[vocdibu:~/Documents/cns_solve_1.2] Dieter%

Anybody got an idea what's going on ? Is there any way to force it to compile
with the gfortran instead of ifort ?

Any help would be greatly appreciated !

Dieter

Reply | Messages in this Topic (1)
#2187 From: Michael Strickler <michael.strickler@...>
Date: Wed Jun 20, 2012 3:06 pm
Subject: Re: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		michael.strickler@...
Send Email Send Email
  
Thanks for the suggestion. I checked and confirmed that I had flex so I checked message boards about flex and libfl.a and eventually installed flex-static. This at least solved the error about "/usr/bin/ld: cannot find -lfl" and there were no error messages during compilation.
However, I still get the SETFPEPS error message when I run cns_solve. I've increased the value of MXFPEPS2 in source/machvar.inc (I've tried up to 65536) but then I get an error message that my machine epsilon cannot be determined (similar to the thread also mentioned in another reply to my question: http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2124).
Any suggestions? I'm running a 32-bit machine.

The reply from Dr. Tewary to that message, http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2127, demonstrates a fix:

Modify the  machvar.f like this (line numbers on the left). The file should in the source folder

    65        ONEP = DPTRUNC(ONE) + DPTRUNC(FPEPS)
    66        ONEM = DPTRUNC(ONE) - DPTRUNC(FPEPS)
*******        WRITE (6,'(I6,E10.3,E10.3)') I, ONEP, ONEM
    67        IF (ONE .EQ. ONEP .OR. ONE .EQ. ONEM) THEN
    68          I = I - 1

If one adds the WRITE command, there is an annoying set of numbers printed initially whenever running cns_solve, but the program runs.  I have tried this out on a 32-bit Fedora 16 virtual machine, and it seems to work.  Like the commenters in the previous message thread, it's not clear to me why this works.

Alternatively, you could edit instlib/machine/supported/linux/Makefile.headers.2.gfortran, and remove the "-ffast-math" flag:

< F77OPT = -O3 $(CNS_MALIGN_I86) -funroll-loops -ffast-math
---
> F77OPT = -O3 $(CNS_MALIGN_I86) -funroll-loops

since whatever has changed with precision handling in recent 32-bit GCC manifests via the "fast-math" optimization.  This also gets rid of the epsilon error.  I don't know what impact that would have on performance, however.

Regards,
Michael Strickler
-- Michael Strickler, Ph.D.
Research Specialist
Richards Center for Structural Biology
Yale University
260 Whitney Ave, 355C JWG
PO Box 208114
New Haven, CT 06520-8114

Reply | Messages in this Topic (7)
#2188 From: Gerard DVD Kleywegt <gerard@...>
Date: Thu Jun 21, 2012 4:50 pm
Subject: Software and servers in Uppsala 		gerard@...
Send Email Send Email
  
Hi all,

In the past couple of years, Mark Harris in Uppsala has developed a bunch of
programs and servers that are useful for crystallographers, structural
biologists and structural bioinformaticians. Some of his programs are listed
here:

           http://xray.bmc.uu.se/markh/programs.html

My favourite is "O on a stick" for Macs. If you download a tarball from an EDS
entry, you can unzip it and drop it on the "O on a stick" icon on your desktop
and O will start up and execute a bunch of macros. Within seconds you have the
PDB entry and the EDS maps on your screen, ready for scrutiny!

Mark's servers are listed here:

          http://xray.bmc.uu.se/markh/servers.html

Several of these provide a user-friendly interface to some of my old programs:

- Australis allows you to do a quick and dirty superposition of two protein
structures, and it will show the result in Jmol as well as allow you to
download the superimposed coordinates, structure-based sequence alignment,
etc. Australis is driven by LSQMAN.

- Borealis does essentially the same as Australis, but for nucleic acid
structures instead of proteins (try out the default example, 1HR2 versus
1U9S). Borealis is also driven by LSQMAN.

- Spasm is a server to run SPASM (unsurprisingly, perhaps) which allows you to
detect small motifs (that you provide) in existing PDB entries. Use the
default example to find out how it works.

- Spana runs a program that I've never even published, SPANA - it does the
same as SPASM, but for nucleic acid motifs and structures. Use the default
example to find out what it can do.

- CavitySearch can be used to find cavities and tunnels in proteins. It can
use either VOIDOO or MAMA (implementing Delaney's method). You can download
the results and view the cavity(ies) with the AstexViewer. Try 1CEL chain A,
looking for the biggest cavity using Delaney's method - this shows how a
tunnel in a structure can be visualised. See also:
http://xray.bmc.uu.se/usf/vis_tunnel.html

- Morphtician allows you to do simple morphs between protein chains in the
same or different structures. It uses LSQMAN under the hood. Interpolated
coordinates can be downloaded and the morphing visualised in Jmol. See also:
http://xray.bmc.uu.se/usf/mol_morph.html

- ValLiGURL has been around for a few years.


Note: since Mark is no longer employed at Uppsala University, these programs
and servers come with no warranty or support.


--Gerard

******************************************************************
                             Gerard J. Kleywegt

        http://xray.bmc.uu.se/gerard   mailto:gerard@...
******************************************************************
     The opinions in this message are fictional.  Any similarity
     to actual opinions, living or dead, is purely coincidental.
******************************************************************
     Little known gastromathematical curiosity: let "z" be the
     radius and "a" the thickness of a pizza. Then the volume
              of that pizza is equal to pi*z*z*a !
******************************************************************

Reply | Messages in this Topic (1)
#2189 From: "bobbyd67@..." <bobbyd67@...>
Date: Fri Jun 22, 2012 5:17 pm
Subject: Re: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		bobbyd67...
Send Email Send Email
  
It worked - many thanks. I missed that previous post.

--- In cnsbb@yahoogroups.com, Michael Strickler <michael.strickler@...> wrote:
>
> > Thanks for the suggestion. I checked and confirmed that I had flex so I
checked message boards about flex and libfl.a and eventually installed
flex-static. This at least solved the error about "/usr/bin/ld: cannot find
-lfl" and there were no error messages during compilation.
> >
> > However, I still get the SETFPEPS error message when I run cns_solve. I've
increased the value of MXFPEPS2 in source/machvar.inc (I've tried up to 65536)
but then I get an error message that my machine epsilon cannot be determined
(similar to the thread also mentioned in another reply to my
question:http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2124).
> >
> > Any suggestions? I'm running a 32-bit machine.
>
> The reply from Dr. Tewary to that message,
> http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2127, demonstrates a fix:
>
>     Modify the  machvar.f like this (line numbers on the left). The file
>     should in the source folder
>
>          65        ONEP = DPTRUNC(ONE) + DPTRUNC(FPEPS)
>          66        ONEM = DPTRUNC(ONE) - DPTRUNC(FPEPS)
>     *******        WRITE (6,'(I6,E10.3,E10.3)') I, ONEP, ONEM
>          67        IF (ONE .EQ. ONEP .OR. ONE .EQ. ONEM) THEN
>          68          I = I - 1
>
>
> If one adds the WRITE command, there is an annoying set of numbers
> printed initially whenever running cns_solve, but the program runs. I
> have tried this out on a 32-bit Fedora 16 virtual machine, and it seems
> to work.  Like the commenters in the previous message thread, it's not
> clear to me why this works.
>
> Alternatively, you could edit
> instlib/machine/supported/linux/Makefile.headers.2.gfortran, and remove
> the "-ffast-math" flag:
>
>     < F77OPT = -O3 $(CNS_MALIGN_I86) -funroll-loops -ffast-math
>     ---
>      > F77OPT = -O3 $(CNS_MALIGN_I86) -funroll-loops
>
> since whatever has changed with precision handling in recent 32-bit GCC
> manifests via the "fast-math" optimization.  This also gets rid of the
> epsilon error.  I don't know what impact that would have on performance,
> however.
>
> Regards,
> Michael Strickler
>
> --
> Michael Strickler, Ph.D.
> Research Specialist
> Richards Center for Structural Biology
> Yale University
> 260 Whitney Ave, 355C JWG
> PO Box 208114
> New Haven, CT 06520-8114
>

Reply | Messages in this Topic (7)
#2190 From: Aaron Greenwood <agreenwo@...>
Date: Sat Jun 23, 2012 3:10 pm
Subject: Re: Re: installing CNS 1.3 in Fedora 16 		agreenwo@...
Send Email Send Email
 

Removing  -fast-math as a compiler option solved the problem. 

This is interesting  from the gcc manual section 3.10 Options That Control Optimization, which may explain the problem.  On the surface I don't see the value of this option given the lack of compliance.  I'd like to hear an opinion on the value of using it.

-ffast-math
    Sets -fno-math-errno, -funsafe-math-optimizations, -ffinite-math-only, -fno-rounding-math, -fno-signaling-nans and -fcx-limited-range.

    This option causes the preprocessor macro __FAST_MATH__ to be defined.

    This option is not turned on by any -O option besides -Ofast since it can result in incorrect output for programs that depend on an exact implementation of IEEE or ISO rules/specifications for math functions. It may, however, yield faster code for programs that do not require the guarantees of these specifications.




On 6/22/2012 11:17 AM, bobbyd67@... wrote:
 

It worked - many thanks. I missed that previous post.

--- In cnsbb@yahoogroups.com, Michael Strickler <michael.strickler@...> wrote:
>
> > Thanks for the suggestion. I checked and confirmed that I had flex so I checked message boards about flex and libfl.a and eventually installed flex-static. This at least solved the error about "/usr/bin/ld: cannot find -lfl" and there were no error messages during compilation.
> >
> > However, I still get the SETFPEPS error message when I run cns_solve. I've increased the value of MXFPEPS2 in source/machvar.inc (I've tried up to 65536) but then I get an error message that my machine epsilon cannot be determined (similar to the thread also mentioned in another reply to my question:http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2124).
> >
> > Any suggestions? I'm running a 32-bit machine.
>
> The reply from Dr. Tewary to that message,
> http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/message/2127, demonstrates a fix:
>
> Modify the machvar.f like this (line numbers on the left). The file
> should in the source folder
>
> 65 ONEP = DPTRUNC(ONE) + DPTRUNC(FPEPS)
> 66 ONEM = DPTRUNC(ONE) - DPTRUNC(FPEPS)
> ******* WRITE (6,'(I6,E10.3,E10.3)') I, ONEP, ONEM
> 67 IF (ONE .EQ. ONEP .OR. ONE .EQ. ONEM) THEN
> 68 I = I - 1
>
>
> If one adds the WRITE command, there is an annoying set of numbers
> printed initially whenever running cns_solve, but the program runs. I
> have tried this out on a 32-bit Fedora 16 virtual machine, and it seems
> to work. Like the commenters in the previous message thread, it's not
> clear to me why this works.
>
> Alternatively, you could edit
> instlib/machine/supported/linux/Makefile.headers.2.gfortran, and remove
> the "-ffast-math" flag:
>
> < F77OPT = -O3 $(CNS_MALIGN_I86) -funroll-loops -ffast-math
> ---
> > F77OPT = -O3 $(CNS_MALIGN_I86) -funroll-loops
>
> since whatever has changed with precision handling in recent 32-bit GCC
> manifests via the "fast-math" optimization. This also gets rid of the
> epsilon error. I don't know what impact that would have on performance,
> however.
>
> Regards,
> Michael Strickler
>
> --
> Michael Strickler, Ph.D.
> Research Specialist
> Richards Center for Structural Biology
> Yale University
> 260 Whitney Ave, 355C JWG
> PO Box 208114
> New Haven, CT 06520-8114
>




Reply | Messages in this Topic (7)
Messages 2160 - 2190 of 2224   Oldest  |  < Older  |  Newer >  |  Newest
Add to My Yahoo!      XML What's This?
Copyright © 2010 Yahoo! Inc. All rights reserved.
Privacy Policy - Terms of Service - Guidelines NEW - Help